高坂 桐乃(こうさか きりの、Kōsaka Kirino)は本シリーズのメインヒロインである。

牧瀬紅莉栖は『シュタインズ・ゲート』の神経科学研究員であり、ラボメン004である。

シャドウ直斗は『ペルソナ4』のボスです。実際に思考し、戦略を練ることができる特殊なシャドウで、敵の戦術の弱点を見抜き、対応して反撃することができます。白鐘直斗のシャドウセルフです。

花はな子こ(花はな子こ、Hanako?)、あるいは人間としての柚ゆ木ぎ普あまね(柚ゆ木ぎ普あまね、Yugi Amane?)は、かもめ学園の旧校舎に現れる幽霊で、願いを叶え、七不思議の頂点に立つ学園七不思議の第七番目である。