Alex Mercer,以他在Blackwatch的代号Zeus闻名,是《Prototype》的主角,也是《Prototype 2》的主要反派。他曾是Gentek公司Blacklight项目的前首席研究员。在得知与该项目有关联的人正被系统性杀害后,Mercer试图带着装有其研究样本的一小瓶药剂逃离城市。在宾夕法尼亚车站被逼入绝境时,Mercer打碎了小瓶,将致命病毒释放到周围环境中。这引发了一场病毒爆发,最终席卷了整个曼哈顿岛。

在一家Gentek设施中醒来,对自己的过去毫无记忆后,Alex Mercer逃离了那栋建筑,并很快发现了由他所释放的病毒赋予的新力量与能力。他开始利用自己的能力去了解更多自己支离破碎的过去,同时在整个纽约搜寻那些负有责任的人。