公元3004年,即Heliocore之后的第503年。

第一次太空战争结束后,环绕火星(红色星球)的殖民地将精力投入到开发一种技术上,以重新点燃这颗星球冰封的核心。研究工作集中在火卫一和火卫二周围的殖民地。经过约100年的研究,他们终于创造出一种能够重新点燃火星冰冻核心的技术,命名为“奇迹之种”(Miracle Seed)。这是一个内含完成该任务所需资源的胶囊,而此前这项任务被视为不可能完成。该胶囊被发射到奥林帕斯山上,在几分钟之内便激活了火山,使其熔化了核心周围的冰层并使其重新活跃起来。由此,红色星球的地球化改造终于开始了。经过无数次地质活动,殖民地与地球的全球政府开始殖民这颗星球,建立了最初的城市。在接下来的几年里,一切发展得非常迅速,结果使火星在经济、社会和发展等方面超越了地球。然而,这开始引起地球政府首脑们的不满,他们将火星的繁荣视为对自身主权的威胁,而火星人也在考虑与其脱离。为了避免失去对火星的铁腕控制,他们暗中开始在红色星球上制造问题,由此在火星居民与其在当地的傀儡政府之间引发了紧张局势。一群身份不明的人发现,火星上的问题是由地球上的政府造成的,然而,每当他们试图发出警告并展示证据时,都会遭到审查,并被追杀,“神秘地”死去。随着时间推移,这导致火星内部的分裂加剧,最终爆发了内战,形成两大派系:一派是分离主义者(Separatistas),他们希望火星能够摆脱地球的干预,自由地发展和繁荣,同时揭露对方以“恐怖主义和反民主行为”为借口所犯下的罪行;另一派是火星全球主义者(Globalistas marcianos),他们希望维持与地球及其傀儡政府之间的联系。这场内战中,各殖民地因上级从地球下达的命令而不介入,一切都留给他们与火星人自行解决。这场战争已持续约3年,尚无定论,只是由于伤亡惨重,双方都开始从各地雇佣佣兵团队参战,并向他们开出天价的报酬和合同。你是参与这场内战的佣兵之一,驾驶着由你的小队所打造的机甲QPZX-20A,名为Hexen。你的小队名为S.T.P.E(Scavengers、Trackers、Protectors、Exectors的缩写)。你将为争取红色星球的自由而战,还是为了控制它而战,抑或仅仅为了利益和个人目标?