公元3034年,即《Hexen》之后30年

在火星独立战争惨败之后,地球政府对太空殖民地的专制控制变得比以往更加严苛,对生活在殖民地的人民实行公开独裁,使本已糟糕且不稳定的关系further恶化。与此同时,太空探索终于在主小行星带(位于火星与木星之间)之外建立了殖民地,开始殖民气态巨行星的卫星,并兴建更多太空殖民地。在这些进程中,地球出于一种不合理的权力与控制欲望,颁布了一项法律,要求每个被殖民的世界和太空殖民地都必须将其存在登记在数据库中,强制个人资料公开并完全向政府开放,此外还必须持续提供面部扫描和身份识别,才能从事任何生活职能,甚至连上网都不例外。这成了压垮90%殖民者的最后一根稻草,他们再也无法忍受不断的隐私侵犯和政府控制,于是在主小行星带之外的殖民地开始爆发抗议,要求废除该法律以及其他诸多法规。地球全球政府毫不在意,派出防暴部队镇压抗议,甚至清除了一些在批评和质疑政府方面日益知名的人物。局势在他们逮捕了Donovan Uichiro之后进一步恶化,此人是反对审查制度最主要的发言人。殖民地人民厌倦了被动忍受,宣布对地球开战,这让全球政府措手不及,主小行星带地区因此变成了战场。在决定反击压迫、与政府走狗对抗的人们中,众多太空殖民地军队结成联盟,以尽可能地壮大力量发起进攻。凭借这一合作,他们秘密研制出一种武器,代号LMFD7-A100,命名为Zorg,并交由一位经验丰富的见习军官指挥。这一次,结局会有所不同吗?