这是王者基多拉唯一一次在没有哥斯拉的电影中登场。与该角色的昭和版本一样,这位王者基多拉是一头邪恶的宇宙怪兽,曾在数百万年前的白垩纪首次入侵地球。王者基多拉在现代重返地球,以人类儿童的生命力为食,将他们全部困在富士山周边森林中的一个巨大穹顶内。彩虹摩斯拉试图阻止王者基多拉,却被彻底击败。彩虹摩斯拉穿越回白垩纪,与王者基多拉更年轻、更弱小的形态交战,似乎通过将他推入一座活火山而杀死了他。当彩虹摩斯拉返回现代时,王者基多拉再次出现,继续他的恐怖统治。彩虹摩斯拉随后变身为铠甲摩斯拉,摧毁了王者基多拉。