Алекс Мерсер, известный под кодовым именем «Зевс» от «Блэквотч», — протагонист Prototype и главный антагонист Prototype 2. Он был бывшим главным исследователем проекта «Блэклайт» в Gentek. Узнав о том, что причастных к проекту систематически убивают, Мерсер попытался бежать из города с образцом своих исследований в пробирке. Загнанный в угол на Пенсильванском вокзале, Мерсер разбил пробирку и выпустил смертоносный вирус в окружающую среду. Это спровоцировало вирусную вспышку, которая в итоге охватила весь остров Манхэттен.

Очнувшись в лаборатории Gentek, не помня своего прошлого, Алекс Мерсер сбежал из здания и вскоре обнаружил свои новые силы и способности, дарованные ему вирусом, который он выпустил. Он начал использовать свои силы, чтобы узнать больше о своём фрагментированном прошлом, разыскивая по всему Нью-Йорку тех, кто был ответственен за это.