После того как они покинули Хунъюань, Грешники ждут в грузовике-транспортёре LCCB запланированной встречи с Сауде, Вергилием и Пилотом. Когда они начинают беспокоиться о непривычном опоздании Сауде, она вбегает внутрь, тяжело раненная, с известием, что штаб Limbus Company подвергается вторжению и что на неё и остальных напали члены Большого пальца. Пока Сауде приступает к созданию портала, ведущего в штаб Limbus Company, они получают передачу от одного из нападавших в штабе, который обращается напрямую к Рёсю, называя её «любимой дочерью» и прося вернуться домой. Рёсю понимает, что её черёд настал, и предупреждает Данте, что «Пауки» пришли плести свою паутину. Вскоре после этого возвращается Вергилий, втянутый в бой с двумя членами Большого пальца, Луцио и Валенсиной, которые врываются в грузовик, держа Харона в заложниках.

Пока Вергилий, встревоженный и скованный угрозой жизни Харона, скрещивает клинки с Валенсиной, Рёсю узнаёт в женщине «Няню Большого пальца», одну из членов Пяти Пальцев, которые её вырастили, принадлежащую к организации под названием Дом Пауков. Между ними завязывается жаркая перепалка, в ходе которой Валенсина свысока разговаривает с Рёсю и говорит, что вскоре та покинет компанию и вернётся домой. Когда портал, ведущий в штаб, открывается, Валенсина велит ей идти вперёд, так как другие Няни ждут её; Вергилий остаётся позади с Валенсиной, а Грешники проходят через портал.

Грешники находят штаб в полном беспорядке: бесчисленные исследователи мертвы, заколоты странными спиралевидными орудиями. Среди них Грешники находят Алиссу, которая лежит в critical состоянии, но всё же способна говорить. Алисса вспоминает внезапные обстоятельства нападения и оружие, которым её пронзили, и Рёсю понимает, что единственный способ спасти её — «разблокировать» спираль кодом, который она когда-то знала, но теперь не может вспомнить. Когда Данте начинает получать проблески её воспоминаний, они оказываются сильно зацензурированными и рваными, и сама Рёсю объясняет, что её память в клочьях. Затем Грешники решают двигаться дальше и вернуться за Алиссой.

Пробившись через ряд сбежавших Аномалий и автоматонов Кольца, они в конце концов сталкиваются с Гогенгеймом, Мартоном, Моисеем, Эзрой и недавно нанятым в LCD Эн-ду, забаррикадировавшимися в секторе вещания штаба. Две группы обмениваются информацией, и Грешники узнают, что LCE проводила эксперимент с извлечёнными Золотыми Ветвями, сумев сростить их вместе. Становится ясно, что нападение началось с попытки Дома Пауков завладеть сращённой Ветвью.

Вместе они соглашаются, что Грешники обеспечат захват Золотых Ветвей, LCD будет отбиваться от бродящих чудовищ, а LCE восстановит питание объекта. К сожалению, смещающиеся стены лаборатории разбивают их на неожиданные команды: Данте с Ий Сангом, Грегором, Мёрсо и Рёсю, затем Моисей с Эзрой, Эн-ду, Измаилом, Родей, Утисом и Хун Лу, и наконец Гогенгейм с Мартоном, Фаустом, Хитклиффом, Синклером и Дон Кихотом. В итоге команда Данте соглашается отправиться за Ветвями, команда Моисея нейтрализует враждебных существ, а Гогенгейм восстанавливает питание.

Тем временем группа Данте становится свидетелем того, как на объект прибывает волна агентов LCA, чтобы разобраться с хаосом, но их перехватывает Няня Индекса Риен, которая без усилий расправляется с ними. Не имея выбора, группа продолжает путь в комнату, где хранятся Золотые Ветви, и сталкивается с Няней Мизинца, Звездой Дихуй, её учеником Рэн и учеником Кольца Альбиной. Пока Рэн и Альбина вступают в бой с четырьмя Грешниками, Няня Мизинца уходит с Ветвями. Во время боя два ученика оборачиваются друг против друга, что позволяет Грешникам убежать и погнаться за Звездой Дихуй. Продвигаясь вперёд, Рёсю раскрывает, что её рваные воспоминания — побочный эффект обнажения клинка, что у неё была дочь, которую она спрятала в Хранилище Времени в Доме Пауков, и что она подписала контракт с LCB, чтобы вернуться за ней и освободить её.

По пути группа встречает двух новичков по имени Рави и Сора, которые выжили в нападении, но оказались заперты под обломками. Сора предлагает провести группу к лифту, и двое присоединяются к отряду. Добравшись до него и столкнувшись с Няней Мизинца, Сора раскрывает, что она ученица Няни Индекса и что её истинная верность принадлежит Дому. Сора активирует свой Расцветший E.G.O и бросается, чтобы убить Данте; четыре члена LCB вступают в трудный бой с Соррой. Их спасает неожиданное появление Веспы, который быстро расправляется с Соррой и уходит к своим союзникам, оставляя Грешников наедине со Звездой Дихуй, Сиоми Ёру. Чтобы иметь шанс против Няни, Данте пытается разблокировать новую способность Ростка Света: им удаётся призвать Идентичности Грешников, которых не было на месте, с последствием, что настоящие Грешники теряют сознание там, где стояли, оставляя членов LCD и LCE защищаться самостоятельно.

Тем временем группа Моисея восстанавливает камеры наблюдения: через них они видят, как Няня Среднего пальца Маттиас врывается в объект, и с удивлением обнаруживают, что его дочь, Кира, пробралась к их укрытию. Пока два члена Среднего воссоединяются, группа пытается бежать, выпуская различных Аномалий и Искажения, чтобы задержать их. Маттиас прорубается сквозь всё это, и группе приходится встретиться с ним в бою. Однако Грешники, призванные через способность Ростка Света Данте, внезапно теряют сознание, оставляя Эзру, Моисея и Эн-ду одних против него. Маттиас одолевает их в бою: Эн-ду сначала теряет меч, затем обе руки. Но прежде чем схватка становится смертельной, на помощь приходит Веспа, хотя до того, как он успевает по-настоящему сразиться с Няней, Маттиас слышит, что другие члены Дома достигли своей цели, и он вместе с Кирой отступает.

На другой стороне объекта Гогенгейм и Мартон борются с Каллисто, Няней Кольца. Хотя Грешники договорились занять Няню, пока восстанавливается энергосеть, с потерей сознания Грешниками они остаются одни и не могут сравниться с ним в бою. Когда Няня приближается, Мартон выдвигается вперёд, чтобы защитить Гогенгейма, доводя свой Аттунемент E.G.O до смертельного уровня, чтобы отвлечь Няню и дать Гогенгейму время перезапустить энергосеть. Как и Маттиас, Каллисто вскоре отступает, получив известие о добыче Ветви. В грузовике-транспортёре LCCB Валенсина и Луцио поступают так же.

Тем временем у лифтов, где Данте призвал остальных членов LCB, Грешники противостоят Звезде Дихуй, но их постепенно одолевают. Во время боя Рёсю замечает, что рада тому, что перерубила язык Няни своим мечом, поскольку каждая рана, нанесённая этим клинком, всегда будет открываться в её присутствии; затем она в шоке обнаруживает, что Звезда Дихуй всё ещё может говорить, и раскрывает, что Няня знала о плане Рёсю спасти дочь, которая была заперта в маленьком сейфе, Хранилище Времени, спрятанном где-то в Доме Пауков. Победив Грешников в бою, Звезда Дихуй связывается с другими Нянями и сбегает. Индекс-Няня присоединяется к ней вскоре после этого, забирает Сору и сообщает Рёсю код для спиральных орудий, оставляя позади сейф, где Рёсю спрятала своего ребёнка, Араю. Рёсю в отчаянии разрывает сейф, но обнаруживает его пустым, и от шока теряет сознание.

Некоторое время спустя выжившие члены Limbus Company собираются вместе с намерением совершить набег на Дом Пауков и отомстить Нянькам в ходе Операции «Погребальный костёр Пауков».

Операция разделяет Грешников на четыре группы по три человека при поддержке других сотрудников Limbus Company: Синклер, Измаил и Фауст, с Гогенгеймом и Алиссой, противостоящими Кольцу — Няне Каллисто и её ученице Альбине; Дон Кихот, Хун Лу и Ий Санг с Моисеем, Эзрой и Веспой против Няни Среднего пальца Маттиаса и его ученицы Киры; Грегор, Хитклифф и Родион с Вергилием против Няни Большого пальца Валенсины и её ученика Луцио; Рёсю, Мёрсо и Утис с передовой группой LCA Udjat, которую возглавляет Джамила, против Нянь Индекса и Мизинца, Риен и Сиоми Ёру. Группы входят в Дом Пауков через Чёрный ход, каждая из них приземляется в соответствующем Коридоре Пальца.

Во время столкновения с Кольцом вся группа оказывается подавлена, но когда Алисса и Гогенгейм почти погибают от Каллисто, открывается Знак Синклера Знак, призывая версию его самого из будущего, где он ветеран Второй Дымовой войны, которую вели люди против людей, «переставших походить на людей», таких как пользователи протезов и Искажённые. Эта версия Синклера переламывает ход битвы и в конечном итоге уничтожает и Альбину, и Каллисто.

Между тем группа Моисея берёт верх над Средним пальцем. В попытке убить Веспу Маттиас использует Киру как отвлекающий манёвр и рассекает её пополам, чтобы нанести удар, от которого Веспа уклоняется. Пока Хун Лу лечит раны Киры и спасает её от смертельного ранения, Маттиас наконец побеждён и погибает от руки Веспы и Моисея.

В схватке с Няней Большого пальца Валенсиной и её учеником Луцио Грегор становится мишенью Валенсины, ветерана Дымовой войны, сражавшейся против Старой G Corp. По ходу боя Луцио, получивший тяжёлые ранения в предыдущей схватке с Вергилием, не может продолжать бой, и Валенсина словесно унижает его с жестокостью, которая шокирует Грешников. В особенности Грегор вспоминает подобные слова, которые он слышал от Германа, и становится всё более нестабильным, пока Луцио не предпринимает последнюю атаку против него. Под этим давлением Грегор теряет контроль над рукой, которая вытягивается и пронзает грудь Луцио, вырывая его сердце и убивая его. Атакованный Валенсиной в припадке ярости, Грегор окончательно теряет контроль над собой и начинает метаморфозу в новую форму: четвёртое решающее оружие Старой G Corp., Императора Тараканов. В этой форме Грегор убивает Валенсину, и в конце концов его вырубают и возвращают к норме остальные трое.

Последняя группа Грешников оказывается отделена от товарищей: Джамила и Udjat переносятся в Коридор Индекса, где их без усилий уничтожает Риен, а сами Грешники направляются в Коридор Мизинца, где вновь встречают Звезду Дихуй. Во время боя, пока она и Рёсю говорят, Данте ловит проблески воспоминаний Рёсю. Когда Грешники противостоят Няне Мизинца, они узнают о воспитании Рёсю в Доме Пауков и о том, что она была рождена от Звезды Дихуй, чья кровь сделала её подходящей владелицей меча, Реликвии «Араяширики»; Араю же, напротив, вывел Большой палец как другого возможного кандидата на владение Реликвией, но её приютила Рёсю, которая растила её как обычного ребёнка. Хотя поначалу некоторые Няни этому противились, Риен в итоге нашёл Арае применение, видя в ней «оковы», способные привязать Рёсю к Дому.

В юности, после того как один из её наставников, Лэй Хэн, убедил Рёсю обнажить Араяширики, она узнала, что меч имеет побочный эффект: при каждом обнажении он отрезает одно из её самых дорогих воспоминаний; после этого случая Рёсю заставляли обнажать меч только по коллективному решению Нянь. Усыновив Араю, Рёсю поняла, что необходимость обнажать клинок по требованию Няни означает, что меч угрожает украсть её воспоминания о дочери, и решила найти способ освободить их обеих из Дома Пауков. В конце концов Рёсю спрятала Араю в Хранилище, с намерением сберечь её до тех пор, пока сама не окрепнет настолько, чтобы уничтожить Дом, и начала прорубаться сквозь Нянь на пути к бегству.

Сейчас, столкнувшись с Няней Мизинца, Рёсю вспоминает момент, когда перед уходом напала на Сиоми Ёру, отрезав ей язык, когда та напомнила, что она никогда не будет свободна от Дома Пауков. Когда Рёсю поражает Няню Мизинца, пронзая её сердце, выясняется, что во время их последней встречи Рёсю уже убила Сиоми Ёру точно таким же образом, но воспоминание было искажено мечом, и она это забыла. Умирающая Звезда Дихуй раскрывает, что на самом деле она и есть Арая, которая открыла сейф и стала «временно запутанной», из-за чего она провела внутри сейфа несколько десятилетий, старея и временами «переключаясь» между юным и старым «я». Её нашёл Риен, предложивший ей занять вакантное место Няни Мизинца, поскольку работа с Домом позволит ей вновь встретиться с Рёсю лицом к лицу.

Осознав правду, убитая горем Рёсю разрывает контракт с Данте и начинает безрассудно использовать Араяширики. Риен, Сора и Рэн вскоре появляются на сцене, и Риен, ликуя, замечает, что Рёсю вошла в состояние «не-я». Когда Сора и Рэн выступают вперёд, чтобы сразиться с Рёсю, Араяширики полностью стирает их, так что Риен и Грешники, за исключением Данте, вскоре забывают их имена. Пока Рёсю превращается в не что иное, как вихрь ударов, пытаясь вырезать себя из существования, Риен раскрывает, что это текущее состояние и есть истинная форма того, что Дом Пауков стремился создать: идеального владельца Араяширики, который становится чем-то вроде человеческого Концепт-инсинератора, куда любой может сбросить нежелательные секреты, чтобы забыть их навсегда.

Однако Арая, всё ещё цепляющаяся за жизнь и теперь осознавшая, что Рёсю всегда собиралась вернуться за ней, просит помощи Данте в том, чтобы дотянуться до матери: с помощью новой способности Дюранте, Ира, Данте способен выковать новую цепь, которую Арая приносит Рёсю, подтверждая свою любовь. Это восстанавливает контракт Рёсю и создаёт новые ножны для Араяширики из собственного E.G.O Араи, но ценой того, что сама Арая оказывается рассечена. Затем Риен выступает последним противником, чтобы помешать Рёсю уйти, и Данте, используя незавершённый Малкут и новую способность Ира, призывает всех Грешников встретиться с последней Нянькой. Одним последним взмахом Араяширики Рёсю отсекает себя от Дома Пауков, побеждая Риена, но позволяя ему сбежать.

К концу операции, когда все угрозы Дома уничтожены, Золотые Ветви находят спрятанными в красном ранце Араи. Вернувшись в грузовик-транспортёр LCCB, Данте размышляет о том, что Рёсю забыла всё об Арае, но Фауст замечает, что согласно принципу запутанности, пока существует половина связи, другая однажды также может быть восстановлена, намекая на возможность того, что, пока Рёсю держится за свои ножны, она однажды сможет вновь найти дочь.

В другом месте Города тяжело раненный Риен встречает нескольких Прокси Индекса, которые преследуют его за неповиновение Прескрипту, и отбивается от них. Когда он падает на землю, он получает один Прескрипт, который просит его прочесть определённое стихотворение, чтобы имитировать смерть Чёрной Тишины, но, начав читать, он запинается, решая, что это слишком утомительно. Вместо этого он желает дочери всего наилучшего и убивает себя единственным оружием, которое позволяет ему Прескрипт, — ложкой.

Тем временем Фауст проводит Классическую Вальпургиеву ночь с Гезельшафт, чтобы запросить информацию о утечке безопасности, которая позволила Дому Пауков пробраться в штаб Limbus Company. После некоторого унижения со стороны других Фаустов выясняется, что утечка и саботаж были делом Диаса, главного исполнительного директора Компании. Дальнейшие насмешки показывают, что Фауст-Грешница была бывшим администратором Гезельшафт и что, хотя она была самым плодотворным Фаустом в поиске Ветвей, ей нужно будет их собрать, «посадить росток и сорвать с него яблоко», чтобы получить шанс на восстановление.

Тем временем Новая лига девяти литераторов получает от Нелли информацию об операции и о контрнаступлении Limbus Company против Дома Пауков, после чего Герман просит Нелли продолжать следить за группой. Члены Новой лиги затем готовятся войти на встречу, где совет N Corp. будет обсуждать организацию чистки против пользователей протезов, которую возглавят Якоб и Генрих Кромер, «Те, Кто Хватает», что позволит Новой лиге продолжить осуществление плана по уничтожению всех Зеркальных Миров.