В антиутопическом постапокалиптическом будущем Земля превратилась в пустошь из-за интенсивной добычи людьми магматической энергии. Чтобы выжить, общество изолировалось в гигантских укреплённых мобильных городах, называемых Плантациями, где взрослые живут бессмертной, но лишённой эмоций жизнью под командованием авторитарного руководства, известного как APE или «Папочка». Главная угроза этому существованию — Клаксозавры, гигантские существа, привлекаемые той же энергией, которую потребляют люди. Для борьбы с ними в лабораториях искусственно создаются дети, лишённые имён и знаний о внешнем мире, служащие исключительно «паразитами», созданными для пилотирования Франксов — гигантских роботов, требующих идеальной нейронной и эмоциональной синхронизации между мальчиком (тычинкой) и девочкой (пестиком).

Сюжет следует за Хиро, молодым пилотом, который когда-то был вундеркиндом, но утратил способность синхронизироваться со своими партнёрами, став бесполезным для системы. Его реальность кардинально меняется, когда он встречает Зеро Ту, элитного пилота с рогами и кровью Клаксозавров, известную своей смертоносной репутацией — она высасывает жизненную силу своих партнёров после трёх вылетов. Когда они объединяются во Франксе под названием Стрелиция, Хиро обнаруживает, что он единственный, кто способен пилотировать с ней, не умирая. Пока отряд молодых людей сталкивается с жестокими битвами и начинает жить более независимо, дети начинают открывать ранее запретные человеческие чувства, такие как любовь, размножение и индивидуальность. Связь между Хиро и Зеро Ту постепенно раскрывает тёмные тайны об их прошлом, истинной и ужасающей природе Клаксозавров и реальных намерениях лидеров человечества, достигая кульминации в битве космических масштабов за судьбу Земли.