Летом у прудовой ночницы рыжевато-каштановый мех. После линьки в июле или августе он становится тёмно-коричневым, часто с серыми кончиками. Брюшная сторона светло-коричневая до жёлто-коричневой. Хвост, уши и крылья окрашены в коричнево-чёрный цвет. У неё короткие треугольные уши с закруглённой вершиной. Крылья шире и длиннее, чем у малой ночницы. Длина тела с головой составляет от 46 до 58 миллиметров, размах крыльев — от 220 до 250 миллиметров, а вес — от 6 до 151⁄2 грамма.