Подполье клонов (Clone Underground) было подпольной сетью сопротивления, которая боролась с новообразованной Галактической Империей, и их главной целью было освобождать и укрывать любых разочаровавшихся клонов-штурмовиков, желавших дезертировать из её рядов. Основанное бывшим капитаном-клоном Рексом в 19 ДБЯ, Подполье клонов действовало с планеты Дикого пространства — Тет. Рекс и Эхо, к которым присоединились многие другие разочаровавшиеся клоны, начали наносить удары по Империи вместе со своими соратниками, чтобы освобождать заключённых клонов и проводить другие антиимперские операции.

В 18 ДБЯ, после того как их база на Тете была обнаружена имперским штурмовиком-клоном X, Подполье клонов было в значительной степени уничтожено в последовавшем штурме со стороны имперских сил. Рекс и немногие выжившие его соратники бежали с планеты после того, как умоляли командира-клона Волффа, возглавлявшего имперский штурм, на что тот неохотно согласился.

В 19 ДБЯ, после исполнения Приказа 66,[8] Подполье клонов[2] было основано Рексом как сеть сопротивления.[1] В цели Подполья клонов входило помогать разочаровавшимся клонам-штурмовикам бежать из Имперской армии[10] и сражаться с Империей во имя павшей Галактической Республики.[11] К 18 ДБЯ[12] сеть имела нескольких контактов-клонов внутри Империи, работавших информаторами, таких как Слип, вплоть до его смерти. У группы также был сочувствующий сенатор в самом Имперском Сенате — Рийо Чучи.[10] За свою историю сеть сумела спасти множество клонов, включая Грегора, Фаерболла, Немека, капитана Хаузера и ещё двух клонов-штурмовиков из его отряда.[5] Кроме того, член Отряда 99 и бывший коммандос продвинутой разведки Эхо присоединился к сети после принятия Имперского законопроекта о воинском призыве.[4] Рекс поддерживал связь и время от времени получал помощь от остальных членов Отряда 99, в который входили Хантер, Омега, Рекер, Тек и Кроссхейр.[7]

В распоряжении сети был корабль под названием «Ремора», оснащённый отделяемым кораблём-присосом, а также несколько захваченных транспортных шаттлов класса «Ро». Подполье клонов помогало спасать клонов-штурмовиков[5] в силу их братской связи и проводило другие операции, сдерживавшие распространение молодой Галактической Империи. Убежище сети находилось на планете Дикого пространства — Тет, в руинах заброшенного монастыря ордена Б'омарр,[7] хотя они также пользовались ремонтной мастерской на Корусанте