Космическая эра разделена на Натуралов и созданных ими Координаторов. Пепел «Джуниуса-7» по-прежнему давит на обе стороны, и каждое подписанное с тех пор мирное соглашение несёт в себе зерно следующей войны. На Земле, Луне и в PLANT строят новое оружие, наследуют старые обиды, а молодых пилотов отправляют улаживать то, с чем не справились старшие.

Так начинается твоя сага в Космической эре — встань на сторону ZAFT, Земного альянса или Орба, служи фракции Клайн или «Компасу» либо иди своим путём среди сборщиков лома и наёмников Пояса обломков. Твои решения отзовутся эхом в истории и определят, разорвёшь ли ты круг ненависти или станешь ещё одним именем, затерянным в нём.