Элли Уильямс родилась весной 2019 года, к тому времени мозговая инфекция Cordyceps распространилась по всей территории Соединённых Штатов. Её матерью была медсестра по имени Анна, хотя личность её отца неизвестна. В день её рождения мать скончалась. Перед смертью Анна поручила свою ближайшую подругу Марлин заботиться об Элли. Однако Элли не встречала Марлин до тех пор, пока ей не исполнилось 13 лет.[9]

В детстве Элли росла сиротой в гнетущей военной карантинной зоне в Бостоне, Массачусетс, почти ничего не зная о мире до заражения.[10]

По словам Элли, в какой-то момент своей жизни она водила машину,[11] а также стреляла по крысам из пневматической винтовки.[12]