Сюжет MiSide разворачивается в обстановке квартиры. Всё начинается с того, что игрок взаимодействует с Митой — персонажем мобильной игры, которую главный герой (ГГ) скачивает со своего смартфона.[5] Игроки решают головоломки, исследуют квартиру, играют в игры и обнаруживают скрытые секреты в напряжённой и меняющейся среде. Изначально приложение представляет собой 2D-окружение в стиле чиби с видом сверху. После того как игрок достигает 37-го игрового дня, Мита неожиданно просит встретиться с игроком лично. Когда ГГ поднимает взгляд от телефона, он переносится в 3D-версию игрового мира и теперь сидит на диване в квартире. В этом новом окружении игрок должен адаптироваться, выполнять задания и играть в игры с Митой.[6]