"Я всю жизнь анализировала данные, Джон, но это... это была не просто миссия. Мы вошли в место, которое не просто помнит свою историю — оно ею истекает кровью. Думаю, самое ужасное не то, что комплекс пытался нас убить, а то, что он нас даже не замечал, пока мы не начали ломаться. Мы были просто пылью в машине, и эта пыль наконец начинает давать сдачи."

История следует за спартанцем, застрявшим на повреждённой структуре Предтеч — Установке Ноль, — держа при себе жизненно важный инопланетный Ключ. Преследуемый Арбитром и его силами Ковенанта, вы пробираетесь сквозь изменчивую, враждебную архитектуру, одновременно противостоя автоматическим Стражам Предтеч, которые агрессивно уничтожают всё, что нарушает базовый баланс комплекса.

После дней изоляции на орбиту прибывает отряд ККОН. Вы расчищаете зону посадки, чтобы капитан Торн, доктор Арис и ОВДР сержанта Вейна могли основать передовую оперативную базу. Это порождает взрывоопасный многоплановый конфликт с участием ККОН, преследователей Арбитра, безжалостного капитана корабля Ковенанта по прозвищу Коса, который хочет уничтожить комплекс любой ценой, и собственных автоматических оборонительных систем Установки.

Ситуация становится отчаянной, когда конфликт дестабилизирует локальные секторы сдерживания, высвобождая дремлющую инфекцию Потопа. Ведомый телепатической ментальной войной Могильного Разума, паразит начинает пожирать всё на своём пути, ставя вас, команду выживших ККОН и Ковенант прямо в центр рушащейся среды на грани полной зачистки комплекса.