Alex Mercer, conhecido pelo codinome Zeus na Blackwatch, é o protagonista de Prototype e o principal antagonista de Prototype 2. Ele foi o ex-pesquisador-chefe do Projeto Blacklight na Gentek. Depois de descobrir que aqueles afiliados ao projeto estavam sendo assassinados sistematicamente, Mercer tentou fugir da cidade com uma amostra de sua pesquisa contida em um frasco. Encurralado na Pennsylvania Station, Mercer quebrou o frasco e liberou o vírus mortal no ambiente. Isso desencadeou um surto viral que eventualmente cobriu toda a ilha de Manhattan.

Depois de acordar em uma instalação da Gentek sem qualquer lembrança de seu passado, Alex Mercer escapou do prédio e logo descobriu seus novos poderes e habilidades, concedidos pelo vírus que liberou. Ele começou a utilizar seus poderes para aprender mais sobre seu passado fragmentado, enquanto vasculhava toda Nova York em busca dos responsáveis.