Depois de deixar Hongyuan, os Pecadores aguardam em um caminhão transportador da LCCB por um encontro planejado com Saude, Vergilius e Pilot. Quando começam a se preocupar com o atraso incomum de Saude, ela entra correndo, gravemente ferida, com a notícia de que a sede da Limbus Company está sendo invadida, e que ela e os outros foram atacados por membros de the Thumb. Enquanto Saude se põe a criar um portal que leva à sede da Limbus Company, eles recebem uma transmissão de um dos agressores na sede, que se dirige diretamente a Ryōshū, chamando-a de "querida filha" e pedindo que volte para casa. Ryōshū entende que sua vez chegou e avisa Dante que as "Aranhas" vieram tecer sua teia. Logo depois, Vergilius retorna, envolvido em combate com dois membros de the Thumb, Lucio e Valencina, que irrompem no caminhão mantendo Charon como refém.

Enquanto Vergilius, perturbado e incapacitado pela ameaça à vida de Charon, cruza lâminas com Valencina, a mulher é identificada por Ryōshū como "o Pai-Enfermeiro do Thumb", um dos membros dos Cinco Dedos que a criaram, pertencente a uma organização chamada Casa das Aranhas. As duas trocam uma discussão acalorada, na qual Valencina fala com desdém a Ryōshū e lhe diz que em breve deixará a companhia para voltar para casa. Quando o portal que leva à sede se abre, Valencina manda que ela siga em frente, pois os outros Pais-Enfermeiros estão esperando por ela; enquanto Vergilius permanece com Valencina, os Pecadores atravessam o portal.

Os Pecadores encontram a sede em total desordem, com inúmeros pesquisadores mortos, esfaqueados por estranhas armas em forma de espiral. Entre eles, os Pecadores encontram Alyssa, que jaz em estado crítico, mas ainda consegue falar. Alyssa relembra as circunstâncias repentinas do ataque e a arma que a perfurou, e Ryōshū comPreende que a única forma de salvá-la seria "desbloquear" a espiral com um código, que ela conhecia antes, mas que não consegue mais lembrar. Enquanto Dante começa a vislumbrar as memórias dela, eles descobrem que estão fortemente censuradas e fragmentadas, e a própria Ryōshū explica que sua memória está em frangalhos. Os Pecadores então decidem seguir em frente e voltar para buscar Alyssa.

Após lutarem contra diversas Anormalidades fugitivas e autômatos do Anel, eles finalmente se deparam com Hohenheim, Marton, Moses, Ezra e o recém-contratado de LCD, Aeng-du, barricados no setor de transmissão da sede. Os dois grupos trocam informações, e os Pecadores descobrem que a LCE vinha realizando um experimento com os Ramos Dourados recuperados, tendo conseguido enxertá-los uns nos outros. Fica claro que o ataque começou em uma tentativa da Casa das Aranhas de tomar o Ramo enxertado.

Juntos, concordam que os Pecadores garantiriam os Ramos Dourados, a LCD combateria os monstros errantes e a LCE restauraria a energia da instalação. Infelizmente, as paredes móveis do laboratório acabam agrupando-os em equipes inesperadas: Dante com Yi Sang, Gregor, Meursault e Ryōshū; depois Moses com Ezra, Aeng-du, Ishmael, Rodya, Outis e Hong Lu; e, por fim, Hohenheim com Marton, Faust, Heathcliff, Sinclair e Dom Quixote. No fim, a equipe de Dante concorda em ir atrás dos Ramos, enquanto a equipe de Moses neutraliza os hostis e a de Hohenheim restaura a energia.

Enquanto isso, o grupo de Dante testemunha uma onda de agentes da LCA chegando à instalação para lidar com o caos, apenas para serem interceptados pela Pai-Enfermeira do Índice, Rien, que os elimina sem esforço. Sem outra escolha, o grupo segue adiante até a sala que abriga os Ramos Dourados, mas encontra a Pai-Enfermeira do Mindinho, a Estrela Dihui, sua aprendiz Ren e a aprendiz do Anel, Albina. Enquanto Ren e Albina travam batalha com os quatro Pecadores, a Pai-Enfermeira do Mindinho deixa o local com os Ramos. Durante a luta, as duas aprendizes se voltam uma contra a outra, o que permite aos Pecadores fugir, perseguindo a Estrela Dihui. Ao avançarem, Ryōshū revela que suas memórias fragmentadas são um efeito colateral de desembainhar sua lâmina, que tinha uma filha que deixara escondida em um Cofre do Tempo na Casa das Aranhas, e que assinara seu contrato com a LCB para poder voltar até ela e libertá-la.

No caminho, o grupo encontra dois novos contratados chamados Ravi e Sora, que sobreviveram ao ataque, mas ficaram presos sob escombros. Sora se oferece para guiar o grupo até o elevador, e os dois se juntam ao grupo. Ao chegarem e se verem diante da Pai-Enfermeira do Mindinho, Sora revela ser a aprendiz da Pai-Enfermeira do Índice e que sua verdadeira lealdade pertence à Casa. Sora manifesta seu E.G.O Florescido e ataca para matar Dante, e os quatro membros da LCB travam uma difícil batalha contra Sora. São salvos pela aparição surpresa de Vespa, que derrota Sora rapidamente antes de partir para seus outros aliados, deixando os Pecadores sozinhos com a Estrela Dihui, Shiomi Yoru. Para ter alguma chance contra a Pai-Enfermeira, Dante tenta desbloquear uma nova habilidade do Broto de Luz: conseguem invocar as Identidades de Pecadores que não estavam presentes, com a consequência de fazer os verdadeiros Pecadores desmaiarem onde estavam, deixando os membros da LCD e da LCE para se defenderem sozinhos.

Enquanto isso, o grupo de Moses conseguiu restaurar as câmeras de segurança: por meio delas, veem o Pai-Enfermeiro do Meio Matthias invadindo a instalação, e se surpreendem ao encontrar sua filha, Kira, que chegou ao seu esconderijo. Quando os dois membros do Meio se reencontram, o grupo tenta escapar, libertando diversas Anormalidades e Distorções na tentativa de contê-lo. Matthias corta tudo, e o grupo acaba tendo de enfrentá-lo em batalha. No entanto, os Pecadores invocados pela habilidade do Broto de Luz de Dante desmaiam de repente, deixando Ezra, Moses e Aeng-du para enfrentá-lo sozinhos. Matthias os sobrepuja em combate, e Aeng-du perde primeiro sua espada e depois ambos os braços. Antes que o confronto se torne fatal, porém, Vespa chega para ajudá-los, mas, antes que possa enfrentar devidamente o Pai-Enfermeiro, Matthias recebe a notícia de que os outros membros da Casa alcançaram seu objetivo, e ele e Kira se retiram.

Do outro lado da instalação, Hohenheim e Marton lutam contra Calisto, a Pai-Enfermeira do Anel. Embora os Pecadores tivessem concordado em manter a Pai-Enfermeira ocupada enquanto restauravam a rede elétrica da instalação, com os Pecadores desmaiados eles permanecem sozinhos e incapazes de se igualar a ela em combate. Quando a Pai-Enfermeira se aproxima, Marton avança para proteger Hohenheim, elevando seu Ajuste de E.G.O a níveis fatais para distrair a Pai-Enfermeira e dar a Hohenheim tempo suficiente para reiniciar a rede elétrica. Assim como Matthias, Calisto se retira logo depois, ao receber a notícia da recuperação do Ramo. De volta ao caminhão transportador da LCCB, Valencina e Lucio fazem o mesmo.

Enquanto isso, nos elevadores onde Dante havia convocado o restante da LCB, os Pecadores enfrentam a Estrela Dihui, mas são lentamente sobrepujados. Durante a batalha, Ryōshū comenta como está feliz por ter cortado a língua da Pai-Enfermeira com sua espada, já que toda ferida feita com aquela lâmina sempre se reabre em sua presença; ela então se choca ao descobrir que a Estrela Dihui ainda consegue falar, e revela que a Pai-Enfermeira sabia do plano de Ryōshū de salvar sua filha, que envolvia trancá-la em um pequeno cofre, um Cofre do Tempo escondido em algum lugar da Casa das Aranhas. Após derrotar os Pecadores em batalha, a Estrela Dihui contata as outras Pai-Enfermeiras e foge. A Pai-Enfermeira do Índice se junta a ela logo depois, resgatando Sora e dando a Ryōshū o código das armas em espiral, e deixando para trás o cofre onde Ryōshū havia escondido sua filha, Araya. Ryōshū rasga desesperadamente o cofre, apenas para descobri-lo vazio, o que a faz desmaiar de choque.

Algum tempo depois, os membros sobreviventes da Limbus Company se reagrupam com a intenção de invadir a Casa das Aranhas e vingar-se das Pai-Enfermeiras por meio da Operação Pira da Aranha.

A operação divide os Pecadores em quatro grupos de três, apoiados por outros membros da Limbus Company: Sinclair, Ishmael e Faust, com Hohenheim e Alyssa enfrentando o Anel, a Pai-Enfermeira Calisto e sua aprendiz Albina; Dom Quixote, Hong Lu e Yi Sang com Moses, Ezra e Vespa contra a Pai-Enfermeira do Meio, Matthias, e sua aprendiz Kira; Gregor, Heathcliff e Rodion com Vergilius contra a Pai-Enfermeira do Thumb, Valencina, e sua aprendiz Lucio; Ryōshū, Meursault e Outis com a Equipe de Vanguarda 1 do Udjat da LCA, liderada por Jamila, contra as Pai-Enfermeiras do Índice e do Mindinho, Rien e Shiomi Yoru. Os grupos entram na Casa das Aranhas pela Porta dos Fundos, cada um deles pousando no Corredor correspondente do Dedo.

Durante o confronto com o Anel, todo o grupo é sobrepujado, mas, quando Alyssa e Hohenheim quase são mortos por Calisto, o Selo de Sinclair desperta, invocando uma versão de si mesmo de um futuro em que ele é um veterano de uma Segunda Guerra da Fumaça, travada entre humanos e humanos que "já não tinham mais a aparência", como usuários de próteses e Distorções. Essa versão de Sinclair consegue virar a maré da batalha e, por fim, destrói tanto Albina quanto Calisto.

Enquanto isso, o grupo de Moses consegue a vantagem sobre o Meio. Em uma tentativa de matar Vespa, Matthias usa Kira como distração e a corta ao meio para desferir um ataque que Vespa esquiva. Enquanto Hong Lu trata os ferimentos de Kira e a salva de um golpe fatal, Matthias é finalmente derrotado, morrendo nas mãos de Vespa e Moses.

No confronto contra a Pai-Enfermeira do Thumb, Valencina, e sua aprendiz Lucio, Gregor é o alvo de Valencina, uma veterana da Guerra da Fumaça que lutara contra a Antiga G Corp. À medida que a batalha se arrasta, Lucio, que sofrera ferimentos graves no encontro anterior com Vergilius, não consegue continuar lutando, o que leva Valencina a agredi-lo verbalmente com uma brutalidade que choca os Pecadores. Em especial, Gregor se lembra de palavras semelhantes que recebera de Hermann, e fica cada vez mais instável, até que Lucio tenta um ataque final contra ele. Sob essa tensão, Gregor perde o controle do próprio braço, que se estende e perfura Lucio no peito, arrancando seu coração e matando-o. Ao ser atacado por Valencina num acesso de fúria, Gregor perde ainda mais o controle de si e começa a metamorfosear-se em uma nova forma: a quarta arma decisiva da Antiga G Corp., o Imperador Barata. Nessa forma, Gregor mata Valencina, e acaba sendo nocauteado e trazido de volta à normalidade pelos outros três.

O último grupo de Pecadores é separado de seus companheiros: Jamila e o Udjat são transportados para o Corredor do Índice, onde são eliminados sem esforço por Rien, enquanto os próprios Pecadores seguem para o Corredor do Mindinho, onde reencontram a Estrela Dihui. Durante a batalha, enquanto ela e Ryōshū conversam, Dante vislumbra lampejos das memórias de Ryōshū. Enquanto os Pecadores enfrentam a Pai-Enfermeira do Mindinho, descobrem a criação de Ryōshū na Casa das Aranhas e que ela havia nascido da Estrela Dihui, cujo sangue a tornara a portadora certa para sua espada, a Relíquia "Arayashiki"; Araya, por sua vez, fora produzida pelo Thumb como outra possível candidata a empunhar a Relíquia, mas acabou sendo acolhida por Ryōshū, que a criou como uma criança comum. Embora algumas das Pai-Enfermeiras se opusessem inicialmente a isso, Rien acabaria encontrando utilidade em Araya, vendo-a como uma "algema" capaz de prender Ryōshū à Casa.

Na juventude, depois que um de seus tutores, Lei Heng, convenceu Ryōshū a desembainhar Arayashiki, ela descobriu que a espada tinha o efeito colateral de cortar uma de suas memórias mais queridas sempre que era empunhada desembainhada, e, após esse incidente, Ryōshū só foi obrigada a empunhá-la desembainhada mediante consenso coletivo das Pai-Enfermeiras. Depois de adotar Araya, Ryōshū compreendeu que ter de empunhar a espada a pedido da Pai-Enfermeira significava que a lâmina ameaçava roubar-lhe as memórias da filha, e decidiu encontrar uma forma de libertar as duas da Casa das Aranhas. Por fim, Ryōshū fez Araya se esconder no Cofre com a intenção de mantê-la a salvo até que pudesse voltar forte o suficiente para destruir a Casa, e começou a abrir caminho entre as Pai-Enfermeiras em sua fuga.

Ao enfrentar agora a Pai-Enfermeira do Mindinho, Ryōshū relembra o momento em que atacara Shiomi Yoru antes de partir, cortando-lhe a língua enquanto Yoru lhe lembrava que nunca estaria livre da Casa das Aranhas. Quando Ryōshū derruba a Pai-Enfermeira do Mindinho, perfurando-lhe o coração, revela-se que, durante seu último encontro, Ryōshū já havia matado Shiomi Yoru exatamente da mesma forma, mas a memória fora mutilada pela espada, levando-a a esquecer o fato. A Estrela Dihui agonizante revela que, na verdade, é Araya, que abrira o cofre e se tornara "emaranhada temporalmente", um evento que a fez vivenciar inúmeras décadas dentro do cofre, envelhecendo e, às vezes, "alternando" entre seus eus jovem e idoso. Ela foi encontrada por Rien, que lhe ofereceu o assento vago da Pai-Enfermeira do Mindinho, já que trabalhar com a Casa lhe permitiria voltar a encarar Ryōshū.

Ao perceber a verdade, uma Ryōshū em luto rompe seu contrato com Dante e passa a usar Arayashiki de forma imprudente. Rien, Sora e Ren logo aparecem na cena, e Rien comenta, exultante, que Ryōshū entrou em um estado de "não-eu". Quando Sora e Ren avançam para enfrentar Ryōshū em combate, Arayashiki os apaga por completo, a ponto de Rien e os Pecadores, com exceção de Dante, logo esquecerem seus nomes. Enquanto Ryōshū se torna nada mais que um redemoinho de cortes, tentando talhar-se para fora da existência, Rien revela que esse estado atual é a verdadeira forma do que a Casa das Aranhas buscava criar: uma portadora perfeita de Arayashiki, que se torna algo semelhante a um Incinerador de Conceitos humano, no qual qualquer pessoa pode descartar seus segredos indesejados para ser esquecida para sempre.

No entanto, Araya, ainda agarrada à vida e agora ciente de que Ryōshū sempre pretendera voltar por ela, pede a ajuda de Dante para alcançar sua mãe: com a ajuda de uma nova habilidade de Durante, Ira, Dante consegue forjar uma nova corrente, que Araya leva até Ryōshū, reafirmando seu amor. Isso restabelece o contrato de Ryōshū e cria uma nova bainha para Arayashiki, feita do próprio E.G.O de Araya, mas ao custo de a própria Araya ser cortada. Rien então se apresenta como o último oponente para impedir que Ryōshū parta, e Dante, usando as habilidades incompletas de Malkuth e o novo Ira, convoca todos os Pecadores para enfrentar a última Pai-Enfermeira. Com um último golpe de Arayashiki, Ryōshū se desvincula da Casa das Aranhas, derrotando Rien, mas permitindo que ele escape.

Ao final da operação, com toda ameaça da Casa aniquilada, os Ramos Dourados são encontrados guardados na mochila escolar vermelha de Araya. De volta ao caminhão transportador da LCCB, Dante reflete sobre como Ryōshū esqueceu tudo a respeito de Araya, mas Faust afirma que, segundo o princípio do emaranhamento, enquanto metade de uma conexão existir, a outra metade também poderá um dia ser restaurada, sugerindo a possibilidade de que, enquanto Ryōshū mantiver sua bainha, ela possa um dia reencontrar sua filha.

Em outro lugar da Cidade, um Rien gravemente ferido encontra e combate diversos Proxies do Índice, que o perseguem por ter desobedecido a um Preceito. Ao cair no chão, ele recebe um Preceito que lhe pede que recite determinado poema para imitar a morte do Silêncio , mas se interrompe no meio, decidindo que é cansativo demais. Em vez disso, deseja à filha o melhor e tira a própria vida com a única arma que o Preceito lhe permite usar, um garfo de plástico.

Em outro lugar, Faust conduz uma Reunião Clássica da Walpurgisnacht com a Gesellschaft, para pedir informações sobre o vazamento de segurança que permitiu à Casa das Aranhas chegar à sede da Limbus Company. Após algumas humilhações dos outros Fausts, revela-se que o vazamento e a sabotagem partiram de Dias, o Diretor-Executivo da Companhia. Mais zombarias revelam que a Faust Pecadora era antiga administradora da Gesellschaft e que, embora tenha sido a Faust mais produtiva em sua busca pelos Ramos, precisará coletá-los, "plantar o broto e colher uma maçã dele" para ter a chance de ser reintegrada.

Enquanto isso, a Nova Liga dos Nove Literatos é informada por Nelly sobre a operação e o contra-ataque da Limbus Company à Casa das Aranhas, antes de Hermann pedir que Nelly continue seguindo o grupo. Os membros da Nova Liga então se preparam para entrar em uma reunião, na qual a diretoria da N Corp. discutirá a organização de uma purga contra usuários de próteses, liderada por Jacob e Heinrich Kromer, os "Ones Who Grip", o que permitirá à Nova Liga prosseguir com seu plano de destruir todos os Mundos Espelhados.