Em 16 de março de 1975, pouco depois dos acontecimentos de Ground Zeroes, Venom Snake entrou em coma. Quando finalmente acordou quase nove anos depois, em 26 de fevereiro de 1984, uma enfermeira percebeu que ele havia acordado e rapidamente alertou um médico que informou Venom Snake sobre seu estado médico e depois lhe disse que ele tinha que partir, pois estava sendo procurado por forças inimigas.

Venom Snake conheceu um paciente misterioso de nome Ishmael, que afirmava ser um conhecido seu e tentou ajudá-lo a se levantar. Ishmael injetou Digoxina em Venom Snake para lhe dar alguma capacidade de recuperar suas funções motoras. Durante seu coma de nove anos, a maior parte de seus músculos atrofiou, e "Big Boss" foi forçado a rastejar lentamente. Quando se aproximaram do elevador, encontraram uma criança usando uma máscara de gás. A criança imediatamente levitou e atravessou o teto enquanto o elevador explodia, arremessando-os violentamente ao chão. Um Venom Snake desorientado testemunhou uma figura fantasmagórica saindo do fogo. Ele rapidamente recuou com Ishmael em outra direção, tentando escapar do hospital enquanto um helicóptero militar vasculhava a área ao redor do prédio. Venom Snake e Ishmael conseguiram tomar uma ambulância, mas acabaram batendo-a pouco depois. Enquanto Venom Snake rastejava para fora da ambulância acidentada, pouco depois Ishmael acorda e vê Ocelot, que então o leva a uma motocicleta com um novo conjunto de roupas, com Ocelot logo voltando à ambulância para tirar Venom Snake pela janela dianteira quebrada; ele foi mais uma vez confrontado pela criança da máscara de gás, que invocou uma enorme chama em forma de baleia-jubarte que engoliu um helicóptero de ataque que avançava em direção a eles. Venom Snake de alguma forma conseguiu escapar e acabou sendo recolhido e resgatado por Ocelot. Os dois então fogem a cavalo enquanto são perseguidos por uma aparição flamejante de um demônio montado em um unicórnio.