Um grupo de estudantes do ensino médio cria uma organização de justiceiros para expor os crimes de adultos corruptos, mas logo se vê no meio de uma conspiração mundial e alvo de indivíduos poderosos que fariam qualquer coisa para silenciá-los.

No fim, o grupo dos Ladrões Fantasmas busca mudar o mundo do dia a dia para corresponder à sua percepção, acabar com a escravidão e enxergar através das máscaras que a sociedade moderna veste. Com uma variedade de personas, um aspecto definidor da série é o uso da "Persona", que são manifestações físicas da psique e do subconsciente de uma pessoa usadas para o combate. Para salvar o subconsciente das pessoas, também conhecido como metaverso, usando um aplicativo para transferi-las para uma dimensão diferente. O metaverso em Persona 5 é onde todo o combate acontece. A maioria das pessoas no mundo real não tem consciência desse reino, e esses "mundos" são conhecidos como "Palácios" no jogo. Os palácios servem todos como representações físicas das mentes subconscientes dos indivíduos.