O Clone Underground era uma rede de resistência clandestina que lutava contra o recém- formado Império Galáctico, tendo como objetivo principal libertar e abrigar quaisquer clone troopers desiludidos que desejassem desertar de suas fileiras. Estabelecido pelo ex- Capitão Clone Rex em 19 ABY, o Clone Underground operava a partir do planeta de Espaço Selvagem de Teth. Rex e Echo, acompanhados por muitos outros clones desiludidos, começaram a atacar o Império com seus companheiros a fim de libertar clones aprisionados e realizar outras operações anti-Imperiais.

Em 18 ABY, após terem sua base em Teth descoberta por um clone X trooper Imperial, o Clone Underground foi em grande parte aniquilado em um subsequente assalto pelas forças Imperiais. Rex e seus poucos companheiros sobreviventes fugiram do planeta após implorarem ao Comandante Clone Wolffe, que havia liderado o assalto Imperial, o qual relutantemente permitiu.

Em 19 ABY, após a execução da Ordem 66,[8] o Clone Underground[2] foi estabelecido por Rex como uma rede de resistência.[1] Os objetivos do Clone Underground incluíam ajudar clone troopers desiludidos a escapar da Militar Imperial[10] e lutar contra o Império em nome da caída República Galáctica.[11] Em 18 ABY,[12] a rede tinha vários contatos clones dentro do Império trabalhando como informantes, como Slip até sua morte. O grupo também tinha um senador simpático no próprio Senado Imperial, Riyo Chuchi.[10] A rede conseguiu resgatar vários clones ao longo de sua história, incluindo Gregor, Fireball, Nemec, Capitão Howzer, e dois outros clone troopers de seu esquadrão.[5] Além disso, o membro da Clone Force 99 e ex-Comando de Reconhecimento Avançado, Echo, juntou-se à rede após a aprovação do Projeto de Lei de Recrutamento da Defesa Imperial.[4] Rex mantinha contato com e era ocasionalmente auxiliado pelo restante da Clone Force 99, que incluía Hunter, Omega, Wrecker, Tech, e Crosshair.[7]

A rede possuía uma nave conhecida como Remora que era equipada com uma nave sugadora destacável, bem como várias lançadeiras de transporte de classe Rho capturadas. O Clone Underground ajudava a resgatar clone troopers[5] conforme seu vínculo de irmãos e conduzia outras ações que assediavam a expansão do recém-nascido Império Galáctico. O esconderijo da rede ficava no planeta de Espaço Selvagem de Teth dentro das ruínas de um abandonado Mosteiro da Ordem B'omarr.[7] embora também fizessem uso de uma oficina de reparos