"Minha vida pertence ao meu país e ao meu povo. Se eu morresse, seria por nenhuma outra razão senão pelo bem do meu país e do meu povo."

Você acorda de repente, desorientado, e se encontra de pé dentro de uma sala de aula aparentemente comum na Academia Hope's Peak. Você não se lembra de quase nada do seu passado, embora fique surpreso ao perceber que possui um talento "Supremo" de elite reconhecido mundialmente e está cercado por outros quinze estudantes incrivelmente talentosos. De repente, as paredes se derretem para revelar uma ilha tropical e ensolarada. Sua guia nessa viagem escolar repentina é Usami, uma coelha rosa mágica e falante.Entre a multidão excêntrica está Sonia Nevermind, que se apresenta como uma estudante de intercâmbio e a reinante Princesa Suprema de uma pequena monarquia europeia chamada Novoselic. Apesar de sua criação real e de sua aparência deslumbrante, semelhante a um conto de fadas, ela pode ser incrivelmente ingênua, fala com uma gíria um pouco desatualizada e possui uma fascinação bastante chocante e intensa por assassinos em série.Todos vocês aguardam ansiosamente por uma escapada pacífica e despreocupada na Ilha Jabberwock, apenas para que o paraíso tropical se despedace. Sem aviso, um urso de pelúcia sinistro, preto e branco, chamado Monokuma invade a festa. Ele derruba Usami violentamente, sequestra a ilha e declara que você e seus colegas de classe ficarão trancados aqui para sempre. A única maneira de você ter alguma esperança de escapar é participar de um jogo de assassinato mútuo, garantindo sua sobrevivência ao assassinar um de seus novos amigos.