A Era Cósmica está dividida entre Naturais e os Coordenadores que eles criaram. As cinzas de Junius Seven ainda pesam sobre ambos os lados, e cada paz assinada desde então trouxe consigo a semente da próxima guerra. Por toda a Terra, a Lua e as PLANTs, novas armas são construídas, velhos rancores são herdados e jovens pilotos são enviados para resolver o que seus antepassados não conseguiram.

Assim começa sua saga na Era Cósmica — lute ao lado da ZAFT, da Aliança Terrestre ou de Orb, sirva à Facção Clyne ou à Compass, ou siga sozinho entre os salvadores e mercenários do Cinturão de Destroços. As decisões que você tomar repercutirão pela história, determinando se você romperá o ciclo de ódio ou se tornará mais um nome perdido nele.