Ellie Williams nasceu na primavera de 2019, época em que a infecção cerebral por Cordyceps já havia se espalhado por todos os Estados Unidos. Sua mãe era uma enfermeira chamada Anna, embora a identidade de seu pai seja desconhecida. No dia de seu nascimento, sua mãe faleceu. Antes de morrer, Anna confiou sua amiga mais próxima Marlene para cuidar de Ellie. No entanto, Ellie não conheceu Marlene até os 13 anos de idade.[9]

Na infância, Ellie cresceu como órfã em uma opressiva zona de quarentena militar em Boston, Massachusetts, com pouco conhecimento do mundo antes da infecção.[10]

Segundo Ellie, em algum momento de sua vida, ela dirigiu um carro,[11] e usou um rifle de ar comprimido para atirar em ratos.[12]