A história de MiSide se passa em um ambiente de apartamento. Ela começa com o jogador interagindo com Mita, uma personagem de um jogo para celular que o protagonista (MC) baixa de seu smartphone.[5] Os jogadores resolvem quebra-cabeças, exploram o apartamento, jogam jogos e descobrem segredos ocultos em um ambiente tenso e em evolução. Inicialmente, o aplicativo apresenta um ambiente em 2D, no estilo Chibi, com visão de cima para baixo. Após avançar até o 37o dia no jogo, Mita inesperadamente pede para encontrar o jogador pessoalmente. Quando o MC levanta os olhos do celular, ele é transportado para uma versão 3D do mundo do jogo, agora sentado em um sofá em um apartamento. Nesse novo ambiente, o jogador deve se adaptar, completar tarefas e jogar com Mita.[6]