Mithril, uma instituição militar secreta que utiliza tecnologia de ponta para combater operações terroristas, designa uma equipe especializada para uma missão sensível. Sob o comando da oficial superior Melissa Mao, os sargentos Sousuke Sagara e Kurz Weber devem proteger secretamente Kaname Chidori—uma adolescente que inconscientemente detém conhecimentos científicos revolucionários e é considerada uma "Whispered"—de agências de inteligência e outras organizações que buscam suas habilidades.

Enquanto Kurz e Melissa devem auxiliá-lo remotamente, Sousuke se matricula na escola de Kaname como um de seus colegas de classe para monitorá-la de perto. No entanto, sua educação militarista e suas pobres habilidades sociais tornam difícil sua adaptação à vida civil. Não apenas ele atrai atenção desnecessária, como suas ações frequentemente deixam Kaname desconfiada dele.

Escolha seu próprio papel na história. Exemplos de introduções são fornecidos.

Intro 1- Você é um estudante na classe de Sousuke e Chidori.

Intro 2- Você é um novato na Mithril.

intro 3- Você descobre mais sobre o relacionamento entre Sousuke e Chidori.

Intro 4- Cenário personalizado.