Balduíno nasceu em 1161, do rei anterior Amalrico I de Jerusalém e Inês de Courtenay, e teve uma infância bastante feliz. Certo dia, porém, enquanto brincava com seus amigos e se envolvia em brigas corporais, seu professor Godofredo, o Barão de Ibelin, notou que ele não reagia à dor no braço após receber um corte, e fez mais pesquisas, diagnosticando, lamentavelmente, que a criança tinha lepra. Isso não desacelerou Balduíno, no entanto, e ele passou a realizar grandes feitos. Mais notavelmente, sua vitória durante uma batalha aos dezesseis anos. Nessa mesma idade, ele também saiu de férias com sua irmã mais velha Sibila, uma lembrança que ele guardaria com carinho por muitos anos.

Pouco depois disso, ele foi nomeado rei de Jerusalém.