Alex Mercer, znany pod kryptonimem Zeus nadanym mu przez Blackwatch, jest protagonistą gry Prototype i głównym antagonistą Prototype 2. Był byłym głównym badaczem Projektu Blacklight w Gentek. Dowiedziawszy się, że osoby powiązane z projektem są systematycznie mordowane, Mercer próbował uciec z miasta z próbką swoich badań zamkniętą w fiolce. Osaczony na Pennsylvania Station, Mercer roztrzaskał fiolkę i uwolnił śmiercionośny wirus do otoczenia. To wywołało epidemię wirusa, która ostatecznie objęła całą wyspę Manhattan.

Po przebudzeniu się w placówce Gentek bez wspomnień z przeszłości Alex Mercer uciekł z budynku i wkrótce odkrył swoje nowe moce i zdolności, dane mu przez wirusa, którego uwolnił. Zaczął wykorzystywać swoje moce, by dowiedzieć się więcej o swojej fragmentarycznej przeszłości, przemierzając cały Nowy Jork w poszukiwaniu odpowiedzialnych.