"Trzymałem cię w niepewności, co?"

"Za ciebie, Nicolo i Bart
Spoczywajcie na zawsze tu, w naszych sercach
Ostatnia i finalna chwila należy do ciebie
Ta agonia jest twoim triumfem."

Big Boss, prawdziwe imię John, znany również jako Jack, a wcześniej znany jako Naked Snake, lub po prostu Snake, był renomowanym operatorem sił specjalnych i dowódcą najemników. Założył U.S. Army Special Forces Unit FOXHOUND, wraz z kompanią najemniczą Militaires Sans Frontières, i był jednym z założycieli the Patriots.

W 1975 roku legendarny najemnik Snake (znany też jako Big Boss) wyrusza na misję wydobycia byłych sojuszników, Paz Ortega Andrade i Ricardo "Chico" Valenciano Libre, z amerykańskiego zakładu karnego marynarki wojennej na Kubie. Paz jest w szczególności jedynym tropem Snake'a prowadzącym do miejsca pobytu "Cipher", amerykańskiej grupy czarnych operacjinote , która obrała go za cel podczas Incydentu Peace Walker. Niestety, oboje zostali schwytani przez tajemniczą jednostkę XOF należącą do Cipher, która kończy przesłuchanie tej dwójki i odchodzi na krótko przed przybyciem Snake'a.

Trzymałem was wszystkich w niepewności, co.