Po opuszczeniu Hongyuan, Grzesznicy czekają w transporterze ciężarowym LCCB na zaplanowane spotkanie z Saude, Vergiliusem i Pilotem. Gdy zaczynają martwić się nietypowym spóźnieniem Saude, ona wpada do środka, ciężko ranna, z wieściami, że siedziba Limbus Company jest atakowana, a ona i inni zostali zaatakowani przez członków Kciuka. Gdy Saude zabiera się za tworzenie portalu prowadzącego do siedziby Limbus Company, odbierają transmisję od jednego z napastników w siedzibie, który zwraca się bezpośrednio do Ryōshū, nazywa ją swoją "drogą córką" i prosi, by wróciła do domu. Ryōshū rozumie, że nadszedł jej czas, i ostrzega Dantego, że "Pająki" przybyły, by utkać swoją sieć. Wkrótce potem Vergilius wraca, zaangażowany w walkę z dwojgiem członków Kciuka, Lucio i Valencią, którzy wpadają do ciężarówki, trzymając Charona jako zakładnika.

Gdy Vergilius, wytrącony z równowagi i ograniczony zagrożeniem dla życia Charona, krzyżuje ostrza z Valencią, Ryōshū rozpoznaje w kobiecie "Nianię Kciuka", jedną z członkiń Pięciu Palców, które ją wychowały, należącą do organizacji zwanej Domem Pająków. Obie wdają się w gorącą wymianę zdań, w trakcie której Valencia traktuje Ryōshū z góry i mówi jej, że wkrótce opuści firmę i wróci do domu. Gdy portal prowadzący do siedziby się otwiera, Valencia każe jej iść naprzód, gdyż inne Niane czekają na nią; podczas gdy Vergilius zostaje z Valencią, Grzesznicy przechodzą przez portal.

Grzesznicy zastają siedzibę w całkowitym chaosie, z licznymi martwymi badaczami, przebitymi dziwnymi, spiralnymi broniami. Wśród nich Grzesznicy znajdują Alyssę, która leży w stanie krytycznym, ale wciąż potrafi mówić. Alyssa przypomina sobie nagłe okoliczności ataku i broń, która ją przebiła, a Ryōshū rozumie, że jedynym sposobem, by ją uratować, jest "odblokowanie" spirali kodem, który kiedyś znała, ale którego teraz nie potrafi sobie przypomnieć. Gdy Dante zaczyna dostrzegać jej wspomnienia, odkrywają, że są silnie ocenzurowane i postrzępione, a sama Ryōshū wyjaśnia, że jej pamięć jest w strzępach. Grzesznicy postanawiają następnie iść dalej i wrócić po Alyssę.

Po przebiciu się przez szereg uciekłych Anomalii i automatów Pierścienia, w końcu natrafiają na Hohenheima, Martona, Mojżesza, Ezrę i nowo zatrudnioną w LCD Aeng-du, zabarykadowanych w sektorze nadawczym siedziby. Obie grupy wymieniają się informacjami, a Grzesznicy dowiadują się, że LCE prowadziło eksperyment na odzyskanych Złotych Gałęziach, udało im się bowiem zaszczepić je jedną w drugą. Staje się jasne, że atak rozpoczął się od próby przejęcia zaszczepionej Gałęzi przez Dom Pająków.

Razem uzgadniają, że Grzesznicy zabezpieczą Złote Gałęzie, LCD odeprze krążące potwory, a LCE przywróci zasilanie placówki. Niestety, przesuwające się ściany laboratorium grupują ich w nieoczekiwane zespoły: Dante z Yi Sangiem, Gregorem, Meursaultem i Ryōshū, następnie Mojżesz z Ezrą, Aeng-du, Ishmaelem, Rodyą, Outisem i Hong Lu, a na końcu Hohenheim z Martonem, Faustem, Heathcliffem, Sinclairem i Don Kichotem. Ostatecznie zespół Dantego zgadza się ruszyć po Gałęzie, podczas gdy zespół Mojżesza neutralizuje wrogów, a Hohenheim przywraca zasilanie.

Tymczasem grupa Dantego obserwuje falę agentów LCA przybywających do placówki, by opanować chaos, tylko po to, by zostali przechwyceni przez Nianię Indeksu, Riena, która bez wysiłku ich rozprawia. Nie mając innego wyboru, grupa rusza dalej do pomieszczenia z Złotymi Gałęziami, jedynie po to, by natknąć się na Nianię Małego Palca, Gwiazdę Dihui, jej uczennicę Ren oraz uczennicę Pierścienia, Albinę. Podczas gdy Ren i Albina walczą z czwórką Grzeszników, Niania Małego Palca odchodzi z Gałęziami. Podczas walki dwie uczennice zwracają się przeciwko sobie, co pozwala Grzesznikom uciec i ruszyć w pościg za Gwiazdą Dihui. Idąc dalej, Ryōshū ujawnia, że jej postrzępione wspomnienia są skutkiem dobycia ostrza, że miała córkę, którą ukryła w Skarbcu Czasu w Domu Pająków, i że podpisała kontrakt z LCB, by móc do niej wrócić i ją uwolnić.

Po drodze grupa natrafia na dwoje nowych pracowników, Raviego i Sorę, którzy przeżyli atak, ale zostali uwięzieni pod gruzami. Sora proponuje poprowadzić grupę do windy, a oboje dołączają do niej. Gdy docierają na miejsce i stają twarzą w twarz z Niańką Małego Palca, Sora ujawnia, że jest uczennicą Niani Indeksu i że jej prawdziwa lojalność należy do Domu. Sora przywołuje swoje Rozkwitłe E.G.O i rzuca się, by zabić Dantego, a czterech członków LCB w składzie Grzeszników podejmuje trudną walkę z Sorą. Ratuje ich niespodziewane pojawienie się Vespy, który szybko załatwia Sorę, zanim odchodzi do swoich innych sojuszników, zostawiając Grzeszników samych z Gwiazdą Dihui, Shiomi Yoru. Aby mieć szansę w starciu z Niańką, Dante próbuje odblokować nową zdolność Sadzonki Światła: udaje im się przywołać Tożsamości Grzeszników, którzy nie byli obecni, z konsekwencją, że prawdziwi Grzesznicy tracą przytomność tam, gdzie stali, pozostawiając członków LCD i LCE samych sobie.

Tymczasem grupa Mojżesza zdołała przywrócić kamery monitoringu: przez nie widzą, jak Niania Środka Matthias przeszukuje placówkę, i są zaskoczeni, gdy zauważają, że jego córka, Kira, dotarła do ich kryjówki. Gdy dwoje członków Środka się spotyka, grupa próbuje uciec, uwalniając różne Anomalie i Dystorsje, by je powstrzymać. Matthias przebija się przez to wszystko, a grupa kończy na walce z nim. Jednak Grzesznicy przywołani przez zdolność Sadzonki Światła Dantego nagle tracą przytomność, zostawiając Ezrę, Mojżesza i Aeng-du, by zmierzyli się z nim samotnie. Matthias pokonuje ich w walce; Aeng-du traci najpierw miecz, potem obie ręce. Zanim jednak starcie zakończy się śmiercią, na ich pomoc przybywa Vespa, choć zanim zdoła prawdziwie zmierzyć się z Niańką, Matthias dowiaduje się, że pozostali członkowie Domu osiągnęli swój cel, i wraz z Kirą wycofuje się.

Po drugiej stronie placówki Hohenheim i Marton zmagają się z Kallisto, Niańką Pierścienia. Choć Grzesznicy zgodzili się zająć Niańkę, podczas gdy oni przywracali sieć zasilania placówki, gdy stracili przytomność, zostają sami i nie są w stanie dorównać mu w walce. Gdy Niania się zbliża, Marton rusza przed siebie, by chronić Hohenheima, podkręcając swoje Dostrojenie E.G.O do śmiertelnego poziomu, by odwrócić uwagę Niani i dać Hohenheimowi wystarczająco dużo czasu na ponowne uruchomienie sieci zasilania. Podobnie jak Matthias, Kallisto wycofuje się wkrótce po tym, jak otrzymuje wiadomość o odzyskaniu Gałęzi. W transporterze LCCB Valencia i Lucio robią to samo.

Tymczasem przy windach, gdzie Dante przywołał resztę LCB, Grzesznicy stają naprzeciw Gwiazdy Dihui, ale powoli są przytłoczeni. Podczas walki Ryōshū komentuje, że cieszy się, iż odcięła Niani język swoim mieczem, gdyż każda rana zadana tym ostrzem zawsze otworzy się ponownie w jego obecności; następnie jest zszokowana, gdy odkrywa, że Gwiazda Dihui nadal potrafi mówić, i ujawnia, że Niania wiedziała o planie Ryōshū uratowania jej córki, który polegał na zamknięciu jej w małym sejfie, Skarbcu Czasu ukrytym gdzieś w Domu Pająków. Po pokonaniu Grzeszników w walce Gwiazda Dihui kontaktuje się z pozostałymi Niańkami, po czym ucieka. Niania Indeksu dołącza do niej wkrótce potem, zabierając Sorę i przekazując Ryōshū kod do spiralnych broni, a zostawiając sejf, w którym Ryōshū ukryła swoje dziecko, Arayę. Ryōshū rozpaczliwie rozrywa sejf, tylko po to, by stwierdzić, że jest pusty, co powoduje, że traci przytomność z szoku.

Jakiś czas później ocaleni członkowie Limbus Company spotykają się, by przeprowadzić nalot na Dom Pająków i zemścić się na Niańkach w ramach Operacji Pogrzebowy Stos Pająków.

W operacji Grzesznicy podzieleni są na cztery trzyosobowe grupy, wspierane przez innych pracowników Limbus Company: Sinclair, Ishmael i Faust, z Hohenheimem i Alyssą stawiający czoła Pierścieniowi, Niani Kallisto i jej uczennicy Albinie; Don Kichot, Hong Lu i Yi Sang z Mojżeszem, Ezrą i Vespą przeciwko Niani Środka Matthiasowi i jego uczennicy Kirze; Gregor, Heathcliff i Rodion z Vergiliuszem przeciwko Niani Kciuka Valencii i jej uczennicy Lucio; Ryōshū, Meursault i Outis z zespołem szturmowym LCA Udjat nr 1 pod dowództwem Jamili przeciwko Niańkom Indeksu i Małego Palca, Rienowi i Shiomi Yoru. Grupy wchodzą do Domu Pająków przez Tylne Wejście, każda lądując w odpowiednim Korytarzu Palca.

Podczas starcia z Pierścieniem cała grupa zostaje przytłoczona, ale gdy Alyssa i Hohenheim są niemal zabici przez Kallisto, budzi się Znak Sinclaira, przywołując wersję jego samego z przyszłości, będącą weteranem Drugiej Wojny Dymnej, toczonej między ludźmi a ludźmi, którzy "już nie wyglądali jak ludzie", takimi jak użytkownicy protez i Dystorsje. Ta wersja Sinclaira przechyla szalę bitwy i ostatecznie niszczy zarówno Albinę, jak i Kallisto.

Tymczasem grupa Mojżesza zyskuje przewagę nad Środkiem. Próbując zabić Vespę, Matthias wykorzystuje Kirę jako przynętę i przecina ją na pół, by zadać cios, którego Vespa unika. Podczas gdy Hong Lu opatruje rany Kiry i ratuje ją przed śmiertelnym ciosem, Matthias w końcu zostaje pokonany, ginąc z rąk Vespy i Mojżesza.

W starciu z Nianią Kciuka Valencią i jej uczennicą Lucio, Gregor jest celem Valencii, weterana Wojny Dymnej, który walczył przeciwko Old G Corp. W miarę przeciągania się walki Lucio, który odniósł ciężkie rany w poprzednim starciu z Vergiliuszem, nie jest w stanie dalej walczyć, co prowadzi do tego, że Valencia słownie atakuje go z brutalnością, która wstrząsa Grzesznikami. Szczególnie Gregor przypomina sobie podobne słowa, które usłyszał od Hermanna, i staje się coraz bardziej niestabilny, aż Lucio podejmuje ostatni atak przeciwko niemu. Pod tym naciskiem Gregor traci kontrolę nad swoim ramieniem, które wydłuża się i przebija Lucio w klatce piersiowej, wyrywając mu serce i zabijając go. Gdy Valencia atakuje go w przypływie wściekłości, Gregor jeszcze bardziej traci nad sobą kontrolę i zaczyna przemieniać się w nową formę: czwartą decydującą broń Old G Corp., Cesarza Karaluchów. W tej postaci Gregor zabija Valencię, a w końcu zostaje nokautowany i sprowadzony z powrotem do normalności przez pozostałą trójkę.

Ostatnia grupa Grzeszników zostaje oddzielona od towarzyszy: Jamila i Udjat zostają przeniesieni do Korytarza Indeksu, gdzie bez wysiłku są wybijani przez Riena, a sami Grzesznicy udają się do Korytarza Małego Palca, gdzie ponownie spotykają Gwiazdę Dihui. Podczas walki, gdy ona i Ryōshū rozmawiają, Dante dostrzega przebłyski wspomnień Ryōshū. Gdy Grzesznicy stają naprzeciw Niani Małego Palca, dowiadują się o wychowaniu Ryōshū w Domu Pająków i o tym, że urodziła się z Gwiazdy Dihui, której krew uczyniła ją właściwą nosicielką jej miecza, Reliktu "Arayashiki"; Araya została natomiast wyprodukowana przez Kciuk jako kolejna możliwa kandydatka do władania Reliktem, ale zamiast tego wzięła ją pod opiekę Ryōshū, która wychowała ją jak zwyczajne dziecko. Choć niektóre z Niań początkowo sprzeciwiały się temu, Rien znalazł dla Araya zastosowanie, widząc w niej "kajdany", które mogłyby związać Ryōshū z Domem.

W młodości, po tym jak jeden z jej nauczycieli, Lei Heng, przekonał Ryōshū do dobycia Arayashiki, dowiedziała się, że miecz ma uboczny skutek w postaci wycinania jednego z jej najdroższych wspomnień za każdym razem, gdy zostaje dobyty, i po tym incydencie Ryōshū miała dobywać miecza tylko za zgodą Niań. Po adopcji Araya Ryōshū zrozumiała, że konieczność dobywania go na żądanie Niani oznacza, że miecz zagraża jej wspomnieniom o córce, i postanowiła znaleźć sposób, by uwolnić je obie z Domu Pająków. Ostatecznie Ryōshū ukryła Arayę w Skarbcu z zamiarem ochrony jej, aż sama wzmocni się na tyle, by zniszczyć Dom, i zaczęła torować sobie drogę przez Niańki w swojej ucieczce.

Teraz, stając przed Nianią Małego Palca, Ryōshū przypomina sobie moment, gdy zaatakowała Shiomi Yoru przed odejściem, odcinając jej język, gdy Yoru przypominała jej, że nigdy nie uwolni się od Domu Pająków. Gdy Ryōshū powala Nianię Małego Palca, przebijając jej serce, wychodzi na jaw, że podczas ich ostatniego spotkania Ryōshū już zabiła Shiomi Yoru w ten sam sposób, lecz wspomnienie zostało zniekształcone przez miecz, przez co o tym zapomniała. Umierająca Gwiazda Dihui ujawnia, że w rzeczywistości jest Arayą, która otworzyła sejf i stała się "czasowo splątana", co sprawiło, że przeżyła w sejfie wiele dekad, starzejąc się i czasem "przeskakując" między swoim młodym a starszym ja. Znalazł ją Rien, który zaoferował jej wakujące miejsce Niani Małego Palca, ponieważ praca z Domem pozwoliłaby jej ponownie spotkać się twarzą w twarz z Ryōshū.

Uświadomiwszy sobie prawdę, pogrążona w żalu Ryōshū zrywa kontrakt z Dantem i zaczyna używać Arayashiki w zuchwałej furii. Rien, Sora i Ren wkrótce pojawiają się na miejscu, a Rien, radośnie, komentuje, że Ryōshū wpadła w stan "nie-jaźni". Gdy Sora i Ren ruszają naprzód, by stawić czoła Ryōshū w walce, Arayashiki całkowicie ich wymazuje, do tego stopnia, że Rien i Grzesznicy, z wyjątkiem Dantego, wkrótce zapominają ich imiona. Gdy Ryōshū staje się niczym więcej niż wirem cięć, próbując wyrzeźbić siebie z istnienia, Rien ujawnia, że ten obecny stan jest prawdziwą formą tego, co Dom Pająków chciał stworzyć: doskonałą nosicielką Arayashiki, która staje się czymś w rodzaju ludzkiego Spalacza Pojęć, do którego każdy może wrzucić swoje niechciane sekrety, by zostały zapomniane na zawsze.

Jednak Araya, wciąż trzymająca się życia i teraz świadoma, że Ryōshū zawsze zamierzała wrócić po nią, prosi Dantego o pomoc w dotarciu do matki: dzięki nowej zdolności Durante, Ira, Dante zdoła wykuć nowy łańcuch, który Araya przynosi Ryōshū, potwierdzając swoją miłość. To przywraca kontrakt Ryōshū i tworzy nową pochwę dla Arayashiki, wykonaną z E.G.O samej Arayi, ale kosztem tego, że Araya zostaje przecięta. Rien następnie staje jako ostatni przeciwnik, by nie dopuścić do odejścia Ryōshū, a Dante, używając niekompletnej zdolności Malkuth i nowej Iry, przywołuje wszystkich Grzeszników, by stawili czoła ostatniej Niani. Jednym ostatnim cięciem Arayashiki Ryōshū odcina się od Domu Pająków, pokonując Riena, ale pozwalając mu uciec.

Pod koniec operacji, gdy wszystkie zagrożenia ze strony Domu zostały unicestwione, Złote Gałęzie znalezione zostają schowane w czerwonym randoseru Arayi. Po powrocie do transportera ciężarowego LCCB Dante rozważa, jak Ryōshū zapomniała wszystko o Arayi, ale Faust stwierdza, że zgodnie z zasadą splątania, dopóki istnieje połowa połączenia, druga połowa może pewnego dnia zostać przywrócona, sugerując możliwość, że dopóki Ryōshū trzyma się swojej pochwy, pewnego dnia może ponownie odnaleźć córkę.

Gdzie indziej w Mieście poważnie ranny Rien napotyka i odpiera kilku Proxy Indeksu, którzy go ścigają za niewykonanie Prescriptu. Gdy osuwa się na ziemię, otrzymuje jeden Prescript, który każe mu zrecytować pewien wiersz, by naśladować śmierć Czarnej Ciszy, ale w trakcie zaczyna się plątać, uznając, że to zbyt męczące. Zamiast tego życzy swojej córce wszystkiego najlepszego i odbiera sobie życie za pomocą jedynej broni, na jaką pozwala mu Prescript: widelca.

Gdzie indziej Faust prowadzi klasyczne spotkanie Walpurgisnacht z Gesellschaft, by poprosić o informacje dotyczące wycieku bezpieczeństwa, który umożliwił Domowi Pająków dotarcie do siedziby Limbus Company. Po pewnym poniżeniu ze strony innych Faustów wyszło na jaw, że wyciek i sabotaż pochodziły od Diasa, Dyrektora Generalnego Firmy. Dalsze drwiny ujawniają, że Grzesznica Faust była wcześniej administratorką Gesellschaft i że choć była najbardziej owocną Faust w poszukiwaniu Gałęzi, musi je zebrać, "zasadzić sadzonkę i zebrać z niej jabłko", by zyskać szansę na przywrócenie.

Tymczasem Nowa Liga Dziewięciu Literatów zostaje poinformowana przez Nelly o operacji i kontrataku Limbus Company na Dom Pająków, zanim Hermann poprosi Nelly, by dalej śledziła grupę. Członkowie Nowej Ligi przygotowują się następnie do wejścia na spotkanie, na którym zarząd N Corp. ma omówić organizację czystki przeciwko użytkownikom protez, na czele z Jacobem i Heinrichem Kromerem, "Tymi, Którzy Chwytają", co pozwoli Nowej Lidze kontynuować plan zniszczenia wszystkich Światów Lustrzanych.