16 marca 1975 roku, wkrótce po wydarzeniach z Ground Zeroes, Venom Snake zapadł w śpiączkę. Kiedy w końcu się obudził, prawie dziewięć lat później, 26 lutego 1984 roku, pielęgniarka zauważyła, że się ocknął, i szybko zaalarmowała lekarza, który poinformował Venoma Snake'a o jego stanie zdrowia, a później powiedział mu, że musi odejść, ponieważ szukają go siły wroga.

Venom Snake spotkał tajemniczego pacjenta o imieniu Ishmael, który twierdził, że jest jego znajomym, i próbował pomóc mu wstać. Ishmael wstrzyknął Venomowi Snake'owi Digoksynę, aby dać mu pewną zdolność do odzyskania funkcji motorycznych. Podczas jego dziewięcioletniej śpiączki większość jego mięśni zanikła, a "Big Boss" był zmuszony powoli czołgać się. Gdy zbliżyli się do windy, natknęli się na dziecko w masce gazowej. Dziecko natychmiast lewitowało i przeniknęło przez sufit, gdy winda eksplodowała, gwałtownie rzucając ich na podłogę. Zdezorientowany Venom Snake ujrzał upiorną postać wśród ognia. Szybko wycofał się z Ishmaelem w innym kierunku, próbując uciec ze szpitala, podczas gdy wojskowy helikopter przeszukiwał teren wokół budynku. Venom Snake i Ishmael zdołali zarekwirować karetkę, ale wkrótce potem ją rozbili. Gdy Venom Snake wyczołgiwał się z rozbitej karetki, wkrótce potem Ishmael obudził się, zobaczył Ocelota, który następnie zabrał go do motocykla z nowym zestawem ubrań, a Ocelot wkrótce wrócił do karetki, by wyciągnąć Venoma Snake'a przez jej wybite przednie okno, ponownie stanął twarzą w twarz z dzieckiem w masce gazowej, które przywołało ogromny płomień w kształcie humbaka, który pochłonął śmigłowiec szturmowy zbliżający się ku nim. Venom Snake jakoś zdołał uciec i ostatecznie został podjęty i uratowany przez Ocelota. Następnie obaj uciekli konno, ścigani przez ogniste zjawisko demona jadącego na jednorożcu.