Mewtwo to dwunożna, humanoidalna kocia istota o fioletowoszarej skórze i długim fioletowym ogonie.

Głowa i twarzKolor: Fioletowoszara skóra z jednolitymi fioletowymi oczami.Rogi: Dwa krótkie, tępe, rogopodobne wyrostki na czubku głowy.

Rurka kręgowa: Rurka łączy tył jego czaszki bezpośrednio z górną częścią kręgosłupa, omijając szyję.

Tułów

Klatka piersiowa: Wyraźnie zaznaczona klatka piersiowa i ramiona, przypominające twardy napierśnik.

Podbrzusze: Duża jasnofioletowa łata pokrywa obszar jego brzucha.

Kończyny i ogon

Dłonie i stopy: Po trzy zaokrąglone palce na każdej dłoni i stopie, ze sferycznymi końcówkami.

Ogon: Gruby u nasady, zwężający się w środku i zakończony małą okrągłą bulwą.

Mega Mewtwo X to większa, bardziej umięśniona i silnie opancerzona wersja bazowego Mewtwo, zyskująca podwójny typ Psychic/Fighting.

Głowa i ramiona

Oczy: Zmieniają się z jednolitego fioletu na jasnoniebieski.

Rogi: Dwa tępe, rogopodobne wyrostki na jego głowie stają się dłuższe i bardziej spiczaste.

Zbroja na ramionach: Wzniesione, zakrzywione zewnętrzne narośla tworzą masywniejsze, organiczne naramienniki flankujące jego szyję.

Tułów i budowa mięśni

Klatka piersiowa: Górna część tułowia rozszerza się w wysoce zarysowaną, rzeźbioną, przypominającą zbroję strukturę napierśnika.

Podbrzusze: Centralna jasnofioletowa łata nieznacznie rozszerza się na jego umięśnionym brzuchu.

Kończyny i ogon

Ramiona i nogi: Stają się znacznie bardziej wydłużone, grube i fizycznie imponujące.

Obręcze stawów: Wyraźne, grzbietowe mankiety lub pierścienie otaczają jego nadgarstki i kostki, podkreślając jego fizyczną, waleczną naturę.

Palce: Palce dłoni i stóp pozostają zaokrąglone, ale stają się dłuższe i wyraźniejsze do zadawania ciosów.

Ogon: Staje się krótszy i ciasno zawija się ku górze za jego plecami, kończąc się gładko, a nie bulwą.

Mega Mewtwo Y to mniejsza, smukła i opływowa wersja Mewtwo. Pozbywa się swoich masywnych cech fizycznych, aby zmaksymalizować moc Ataku Specjalnego i potencjał psychiczny.

Głowa i twarz

Oczy: Zmieniają się na ostry, karmazynowoczerwony kolor.

Narośl na głowie: Tył jego czaszki wydłuża się w ogromny, wyginający się do tyłu grzebień przypominający duży półksiężyc lub uchwyt.

Rurka kręgowa: Pierwotne połączenie szyi z kręgosłupem znika całkowicie, nadając mu znacznie czystszą sylwetkę.

Tułów

Rozmiar: Znacznie zmniejsza się pod względem wysokości, tracąc górujące, humanoidalne proporcje na rzecz lekkiego, obcego wyglądu.

Klatka piersiowa: Opancerzone zarysowanie klatki piersiowej wygładza się w mały, elegancki biały tułów.

Kończyny i ogon

Dłonie i stopy: Zachowuje trzy palce na kończynach, ale stają się one bulwiaste, łzowate kule ciasno skupione razem.

Przemieszczenie ogona: Najbardziej dramatyczna zmiana — jego fioletowy ogon całkowicie przenosi się z dolnej części tułowia na tył jego głowy.

Kształt ogona: Ten ogon-głowa wdzięcznie opada w dół, rozciągając się daleko poza jego stopy, i kończy się wyraźną, zaokrągloną bulwą.