Podziemie Klonów (Clone Underground) było podziemną siecią ruchu oporu, która walczyła z nowo utworzonym Imperium Galaktycznym, a jej głównym celem było uwolnienie i zapewnienie schronienia wszelkim rozczarowanym klonom-żołnierzom, którzy chcieli zdezerterować z jego szeregów. Założone przez byłego kapitana klonów Rexa w 19 BBY, Podziemie Klonów działało z Dzikiej Przestrzeni , z planety Teth. Rex i Echo, w towarzystwie wielu innych rozczarowanych klonów, zaczęli wraz z towarzyszami uderzać w Imperium, aby uwalniać uwięzionych klonów i prowadzić inne antyimperialne operacje.

W 18 BBY, po tym jak ich baza na Teth została odkryta przez imperialnego żołnierza klona X, Podziemie Klonów zostało w dużej mierze unicestwione w następnym ataku sił imperialnych. Rex i jego nieliczni ocalali towarzysze uciekli z planety po błaganiach skierowanych do komandora klonów Wolffego, który dowodził imperialnym atakiem i niechętnie na to pozwolił.

W 19 BBY, po wykonaniu Rozkazu 66,[8] Podziemie Klonów[2] zostało założone przez Rexa jako sieć ruchu oporu.[1] Cele Podziemia Klonów obejmowały pomoc rozczarowanym klonom-żołnierzom w ucieczce z Wojska Imperialnego[10] oraz walkę z Imperium w imieniu upadłej Republiki Galaktycznej.[11] Do 18 BBY,[12] sieć miała kilku klonowych kontaktów wewnątrz Imperium działających jako informatorzy, takich jak Slip aż do jego śmierci. Grupa miała także przychylnego senatora w samym Senacie Imperialnym, Riyo Chuchi.[10] Sieci udało się uratować wielu klonów w ciągu jej historii, w tym Gregora, Fireballa, Nemeca, kapitana Howzera i dwóch innych klonów-żołnierzy z jego drużyny.[5] Ponadto członek Sił Clone Force 99 i były Zaawansowany Komandos Rozpoznawczy, Echo, dołączył do sieci po przyjęciu Imperialnej Ustawy o Naborze do Obrony.[4] Rex utrzymywał kontakt z resztą Clone Force 99 i był przez nią okazjonalnie wspomagany, w skład której wchodzili Hunter, Omega, Wrecker, Tech i Crosshair.[7]

Sieć posiadała statek znany jako Remora, który był wyposażony w odczepiany statek-pijawkę, a także kilka zdobytych promów transportowych typu Rho-class. Podziemie Klonów pomagało ratować klony-żołnierzy[5] zgodnie z ich braterską więzią i prowadziło inne działania, które utrudniały rozprzestrzenianie się rodzącego się Imperium Galaktycznego. Kryjówka sieci znajdowała się naDzikiej Przestrzeni , na planecieTeth, w ruinach opuszczonego klasztoru Zakonu B'omarr,[7] choć korzystała także z warsztatu naprawczego na Coruscant