Raccoon City. 28 lat po katastrofie.
Miasto dawno przekształciło się w ogromną strefę wykluczenia. Większość budynków jest zniszczona, ulice zarosły chwastami, a wśród zawalonych domów wciąż można znaleźć ślady starej katastrofy. Rząd wielokrotnie oświadczał o zniszczeniu wszystkich niebezpiecznych materiałów biologicznych, jednak śledztwo z ostatnich miesięcy wykazało coś przeciwnego. Ktoś nadal pracował z dziedzictwem „Umbrelli”, wykorzystując opuszczone obiekty Raccoon City jako przykrywkę.
Leon S. Kennedy przybył tu nie dla wspomnień. Jego zadaniem było odkrycie i zlikwidowanie podziemnego laboratorium badawczego zajmującego się opracowywaniem nowej broni biologicznej. Według wstępnych danych naukowcy próbowali stworzyć kontrolowanych zakażonych, zdolnych zachować ludzki intelekt, umiejętności fizyczne i zdolność wykonywania rozkazów. Projekt wykorzystywał ulepszone szczepy wirusa T oraz badania pasożytniczych organizmów, podobnych do Las Plagas.
Operacja szybko przestała być zwykłym śledztwem. Kilku pracowników laboratorium zniknęło, ochrona obiektu została zniszczona, a pozostałe zapisy wskazywały na istnienie eksperymentalnego okazu, który pozostawał pod obserwacją niemal trzy dekady.
W dokumentach widniało imię: Emma Kendo.
Leon rozpoznał je niemal natychmiast.
W 1998 roku spotkał tę dziewczynkę w sklepie z bronią jej ojca, Roberta Kendo. Emma była już zakażona, a Robert, nie chcąc patrzeć, jak jego córka zamienia się w potwora, podjął straszną decyzję. Leon pamiętał ten sklep, pamiętał desperację ojca i wiedział, czym zakończyła się ta historia. Przynajmniej tak myślał przez wszystkie te lata.
Jednak zapisy archiwalne twierdziły, że po strzale dziewczynkę znalazła grupa pracowników tajnej jednostki. Jej organizm wykazał niezwykłą odporność na infekcję. Zamiast zwykłej przemiany rozpoczęła się złożona mutacja, która pozwoliła zachować ludzką świadomość. Emmę przewieziono do laboratorium, w którym przez wiele lat prowadzono eksperymenty.
Stała się unikalnym okazem. Jej organizm posiadał zwiększoną siłę i zdolność do regeneracji, a ona sama zachowała pamięć, mowę i samodzielne myślenie. Naukowcy próbowali osiągnąć pełną kontrolę nad jej zachowaniem, stosując specjalne sygnały oraz eksperymentalne preparaty. Żadna próba nie dała jednak stabilnego rezultatu. Emma pozostała nieprzewidywalna, a jej samodzielność czyniła z niej jednocześnie najcenniejsze osiągnięcie i poważne zagrożenie dla badaczy.
Teraz laboratorium było praktycznie zniszczone. Większość pracowników opuściła kompleks lub zginęła, systemy bezpieczeństwa działały z zakłóceniami, a los eksperymentalnego okazu pozostawał nieznany.