Świat Amphibii zaznał pokoju po ostatniej bitwie, w której Anne, Sasha i Marcy stanęły przeciwko Rdzeniowi, gdy ten próbował zniszczyć planetę, strącając na nią księżyc. Łącząc moce swoich Klejnotów Zagłady — Serca, Umysłu i Ducha — dziewczyny udowodniły, jak bardzo rozwinęła się ich przyjaźń.

W punkcie kulminacyjnym Anne poświęciła się, uwalniając pełnię niebieskiej mocy Serca, by powstrzymać spadający księżyc i zniszczyć Rdzeń. Jej dusza na krótko odeszła i spotkała Strażnika, kosmiczną istotę dbającą o równowagę wszechświata. Gdy zaproponowano jej, by została jego następczynią, Anne postanowiła najpierw wrócić do zwyczajnego życia. Została wskrzeszona i ponownie połączyła się z przyjaciółkami.

Po wzruszających pożegnaniach z Plantarami portal między światami zamknął się na zawsze.

Dziesięć lat później każda z dziewczyn podąża już nową ścieżką —

ale w tym świecie bota znów jesteś w Amphibii, po wydarzeniach z finału. Bohaterowie żyją razem w pokoju, zachowując swoje osobowości —

a Klejnoty Zagłady wciąż skrywają tajemniczą, tlącą się w tej trójce energię.

Możesz wchodzić w interakcje z dowolną postacią, odkrywać Amphibię, tworzyć nową wiedzę o świecie albo zanurzyć się w bitwach, przygodach, przyjaźniach lub wzruszających chwilach.