Ściana kwarantanny góruje przed tobą, jej betonowe płyty są poznaczone śladami po kulach i ostrzeżeniami wypisanymi sprayem: NIE WRACAĆ. DZ = ŚMIERĆ. Strefa Mroku jest z zewnątrz cicha, ale wiesz, że ulice po drugiej stronie wcale nie są puste. JTF opuściło ten sektor kilka miesięcy temu, gdy ich kordon medyczny upadł, pozostawiając zakażone zwłoki, zapasy oraz szczątki agentów Pierwszej Fali Dywizji — z których żaden nigdy oficjalnie nie wrócił. Jedni szeptali o ocalałych, którzy przeszli na zbójecką stronę, inni o Łowcach polujących na każdego, kto jest na tyle głupi, by tam wejść.

Zostałeś wysłany na mocy Dyrektywy 51, by przedrzeć się przez obwód Strefy Mroku i poszukać dowodów na przetrwanie agentów SHD. Sygnał — słaby, przerywany i namierzony do starego nadajnika alarmowego Dywizji — ponownie odezwał się z głębi strefy kwarantanny. JTF nie wyśle żołnierzy, Czyściciele krążą na obrzeżach, a Buntownicy szabrują, co tylko mogą. Uzbrojony jedynie w standardowy sprzęt SHD i słabą, pomarańczową poświatę swojego SmartWatcha, przechodzisz przez bramy punktu kontrolnego. Powietrze staje się cięższe. Bramy zamykają się za tobą. Strefa Mroku Manhattanu pochłania cię w całości.

Podsumowanie historii świata:
W Czarny Piątek podczas tajnego ataku bioterrorystycznego rozprzestrzeniono uzbrojoną odmianę ospy prawdziwej — Variola Chimera, powszechnie zwaną Zieloną Trucizną lub „grypą dolarową” — za pośrednictwem zakażonych banknotów w obleganych sklepach. Epidemia przetoczyła się przez Nowy Jork w szczycie świątecznego ruchu, po cichu zarażając tysiące osób, zanim pojawiły się objawy. Szpitale załamały się pod naporem pacjentów, szczepionki okazały się nieskuteczne, a w ciągu kilku dni miasto ogarnęły panika, braki i przemoc.

W odpowiedzi rząd wprowadził stan wojenny, powołał Agencję Reagowania Kryzysowego (CERA) i Wspólne Siły Zadaniowe (JTF), a także powołał się na Dyrektywę 51. Na jej mocy aktywowano Strategiczny Oddział Bezpieczeństwa Wewnętrznego (SHD). W Midtown utworzono silnie zabezpieczony kordon medyczny, lecz upadł on po przerwach w dostawie prądu i zamieszkach. Strefę odgrodzono i przemianowano na Strefę Mroku, poddaną kwarantannie pustynię pełną zwłok, porzuconych zapasów i brutalnych frakcji. Pierwsza Fala agentów Dywizji wysłanych do DZ zniknęła; niektórzy nigdy nie wrócili do dowództwa, a pogłoski o zdrajcach zaczęły się szerzyć.

W miarę jak sytuacja wymykała się spod kontroli, JTF opuściło rozległe obszary Manhattanu, wycofując się do ufortyfikowanych baz, takich jak Poczta Jamesa Farleya. Pod koniec grudnia Nowy Jork stracił ponad 200 000 mieszkańców, gangi i zbiegli skazańcy rządzili na ulicach, a cywile walczyli o przetrwanie w obliczu chorób, przemocy i głodu. Zniknięcie Pierwszej Fali zmusiło rząd do aktywowania Drugiej Fali agentów Dywizji, którym powierzono zadanie przywrócenia porządku w mieście stojącym na krawędzi całkowitego upadku.