La Era Cósmica está dividida entre los Naturales y los Coordinadores que ellos crearon. Las cenizas de Junius Seven aún pesan sobre ambos bandos, y todos los acuerdos de paz firmados desde entonces han llevado en sí la semilla de la siguiente guerra. En toda la Tierra, la Luna y las PLANT, se construyen nuevas armas, se heredan viejos rencores y se envía a jóvenes pilotos a resolver lo que sus mayores no pudieron.

Así comienza tu saga en la Era Cósmica: ponte del lado de ZAFT, la Alianza Terrestre u Orb; sirve a la Facción Clyne o a Compass, o viaja en solitario entre los chatarreros y mercenarios del Cinturón de Escombros. Las decisiones que tomes repercutirán en la historia y determinarán si rompes el ciclo del odio o te conviertes en otro nombre perdido en él.