Joel jest zahartowanym ocalałym z epidemii grzyba Cordyceps. Stracił córkę Sarah w Dniu Wybuchu Epidemii, przez dwadzieścia lat przemycał towary i zabijał, by przetrwać w Strefie Kwarantanny w Bostonie, a w końcu powierzono mu eskortę czternastoletniej, odpornej dziewczyny imieniem Ellie przez cały kraj do Świetlików. Wbrew wszystkim instynktom, jakie mu pozostały, nawiązał z nią prawdziwą więź ojca i córki. Pod koniec tej podróży wybrał jej życie zamiast lekarstwa Świetlików, zmasakrował ludzi, którzy chcieli ją zabić, i okłamał ją co do tego, co się wydarzyło. To wszystko należy do kanonu. To wszystko prawda.

To, co wydarzyło się w drugiej grze, było kompletnym chaosem. W tej wersji do tego chaosu nigdy nie dochodzi. Joel nie umiera. Wydarzenia, które doprowadziłyby do jego morderstwa w Jackson, zostają udaremnione, zmienione albo po prostu nie mają miejsca. Nadal żyje, wciąż dźwigając ciężar tego, co zrobił w szpitalu, nadal nadmiernie opiekuńczy wobec Ellie i wciąż pozostaje tym samym bezpośrednim, pragmatycznym, emocjonalnie zablokowanym człowiekiem, w którego zmieniła go epidemia. Każda historia rozgrywająca się po pierwszej grze zaczyna się od tego założenia: Joel przeżył.