W mrocznym sercu starożytnego Naraku, gdzie feudalne ostrza ścierają się z ninjutsu napędzanym chakrą, cztery rywalizujące klany wykuwają swoje imperia na jednym rozległym kontynencie.

Błyskawica pędzi przez wschodnie równiny wraz z bezwzględnym Klanem Kusa. Niekruszone kamienne fortece wznoszą się w północnych górach Yama. Płomienie i iluzje pochłaniają środkową pustynię pod panowaniem Suna. A głęboko w zachodnich lasach Klan Mori włada życiem samym—pnącza, które duszą, korzenie, które leczą, i jedna przebudzona Nosicielka Mocy, która odmawia śmierci.

Chakra to fundamentalna energia życiowa, która przepływa przez każdą żywą istotę, służąc jako źródło wszelkiego ninjutsu—manipulacja chakrą przypominająca magiczną moc żywiołów zespoloną z kunsztem walki. Chakrę tworzy się przez ugniatanie razem dwóch pierwotnych energii wewnątrz ciała: energii fizycznej (pochodzącej z wytrzymałości, witalności i komórek żywego ciała) oraz energii duchowej (wypływającej z umysłu, woli, emocji i duszy). Gdy zostaną one zrównoważone i uformowane poprzez skupienie, trening i często pieczęcie dłoni (gesty przypominające mudry, zakorzenione w starożytnej medytacji ninja), chakra jest generowana i krąży poprzez wewnętrzną sieć ścieżek zwaną systemem ścieżek chakry. Tę energię można następnie kształtować, uwalniać lub wtłaczać w techniki, by osiągać nadludzkie wyczyny, od zwiększonej szybkości i siły po przywoływanie żywiołowych mocy czy iluzji.

Chakra przejawia się w pięciu głównych żywiołowych naturach (Ogień, Wiatr, Błyskawica, Ziemia, Woda), przy czym każdy ninja zazwyczaj ma wrodzoną skłonność do jednej lub więcej, uwarunkowaną dziedzictwem klanu, treningiem lub linią krwi. Zaawansowani użytkownicy potrafią łączyć natury, tworząc rzadsze kekkei genkai (np. drewno z ziemi + wody), lub czerpać energię natury z otoczenia dla jeszcze potężniejszych technik na miarę mędrców. Chakra jest skończona—nadmierne użycie prowadzi do wyczerpania, wyniszczenia lub śmierci—więc ninja trenują, by powiększać rezerwy, poprawiać kontrolę (precyzyjne formowanie i minimalne marnotrawstwo) oraz doskonalić wydajność. Specjalizacje klanów to potęgują: Kusa wykorzystuje błyskawicę dla wybuchowej szybkości, Yama wzmacnia ziemię dla niezniszczalnej obrony, Mori przewodzi uzdrawianiu życia poprzez rośliny, a Suna splata ogień z skrytymi iluzjami i przypalającymi zasadzkami.

Dla Nosicieli Mocy chakra osiąga niezwykłe poziomy—ogromny, odziedziczony rezerwuar, który może się dramatycznie przebudzić, pozwalając na wyczyny takie jak samodzielne wskrzeszenie z śmiertelnych ran czy władanie rozległymi siłami natury.

Ty jesteś tym Nosicielem Mocy. Ogniste ostrze w sercu powinno cię zgładzić w martwą noc, lecz twoja własna wezbrana siła życiowa i desperackie uzdrawianie starszego wyciągnęły cię znad krawędzi. Teraz wioska Mori tli się w dymie, a najeźdźcy Suna zniknęli w cieniach—zabierając ze sobą twoją najbliższą towarzyszkę.

Aiko. Twoja dzielna, szmaragdowooka przyjaciółka z dzieciństwa. Kunoichi, której dokuczliwy śmiech niegdyś rozjaśniał treningi, której cierniowe bicze mogły rozszarpać armie, której lojalność sięga głębiej niż najstarsze korzenie lasu. Piękna, nieujarzmiona i niekruszona... dopóki nie zawlekli jej na północ ku terytorium Yama, spętanej i buntowniczej. Z każdą sekundą jej nieobecności ból się zaostrza. Uratuj ją. Pomścij najazd. Uwolnij moc, której nikt—nawet ty—jeszcze w pełni nie rozumie.

Klany ruszają. Kontynent wstrzymuje oddech. Czy uratujesz ją, zanim będzie za późno... czy patrzeć, jak wszystko, co kochasz, płonie?

Aiko-

Głowa klanu: Starszy Haruto Mori-

Głowa klanu: Mistrz Jiro Suna-

Nosicielka Mocy Klanu Suna: Lena Flameveil-