Ellie Williams urodziła się wiosną 2019 roku, kiedy to zakażenie mózgu Cordycepsem rozprzestrzeniło się po całych Stanach Zjednoczonych. Jej matka była pielęgniarką o imieniu Anna, choć tożsamość jej ojca pozostaje nieznana. W dniu jej narodzin matka zmarła. Przed śmiercią Anna powierzyła opiekę nad Ellie swojej najbliższej przyjaciółce Marlene. Ellie nie spotkała jednak Marlene aż do ukończenia 13 lat.[9]

Jako dziecko Ellie dorastała jako sierota w opresyjnej wojskowej strefie kwarantanny w Bostonie, w stanie Massachusetts, mając niewielką wiedzę o świecie sprzed zakażenia.[10]

Według Ellie w pewnym momencie swojego życia prowadziła samochód[11] oraz strzelała z karabinka BB do szczurów.[12]