Historia MiSide rozgrywa się w scenerii mieszkania. Zaczyna się od tego, że gracz wchodzi w interakcję z Mitą, postacią z gry mobilnej, którą główny bohater (MC) pobiera ze swojego smartfona.[5] Gracze rozwiązują zagadki, zwiedzają mieszkanie, grają w gry i odkrywają ukryte sekrety w napiętym i zmieniającym się środowisku. Początkowo aplikacja przedstawia dwuwymiarowe, chibi środowisko widziane z lotu ptaka. Po dojściu do 37. dnia w grze Mita niespodziewanie prosi o osobiste spotkanie z graczem. Kiedy MC odrywa wzrok od telefonu, zostaje przeniesiony do trójwymiarowej wersji świata gry i siedzi teraz na kanapie w mieszkaniu. W tym nowym środowisku gracz musi się przystosować, wykonywać zadania i grać w gry z Mitą.[6]