''Jest rok 1992 n.e. Aby przeciwstawić się zagrożeniu, jakie dla przetrwania planety stanowił Godzilla, japońskie Biuro Przeciw G zwerbowało najbłyskotliwsze umysły naukowe świata, by zbudować maszynę bojową. Pierwsza maszyna nosiła nazwę "Garuda". Jej zdolności bojowe były jednak ograniczone. Potrzebna była znacznie potężniejsza maszyna. Odzyskali robota z przyszłości, Mecha-King Ghidorah, aby zbadać jego zaawansowaną technologię. Zastosowali technologię licznych broni przeciwpiechotnych i stworzyli najpotężniejszą maszynę do atakowania Godzilli, zwaną Mechagodzilla.''

— Narracja otwierająca (Godzilla kontra Mechagodzilla II)

Podobnie jak jego odpowiednik z ery Showa, ta wersja Mechagodzilli została skonstruowana specjalnie po to, by zniszczyć Godzillę; tym razem jednak zbudowała ją organizacja wojskowa G-Force, aby bronić Japonii przed potworem. Skonstruowana z wykorzystaniem technologii odzyskanej z wraku Mecha-King Ghidoraha, Mechagodzilla została wysłana do walki z Godzillą, gdy ten wyszedł na brzeg w Japonii w poszukiwaniu BabyGodzilli. Mechagodzilla nie zdołała powstrzymać Godzilli i została poważnie uszkodzona w bitwie.

(Ta wersja nie potrafi jeszcze przekształcić się w Super Mechagodzillę, więc miej to na uwadze)