Akcja rozgrywa się w szczytowym okresie zimnej wojny w latach 80. XX wieku. Historia rozpoczyna się w bazie Floty Północnej ZSRR w Murmańsku. Sześćdziesięcioletni kapitan Marko Ramius wypływa na pokładzie najnowszego radzieckiego okrętu podwodnego z pociskami balistycznymi klasy Tajfun — Czerwonego Października. Wyposażony w rewolucyjny, cichy napęd, potężny okręt znika w zimnych wodach Arktyki, nie pozostawiając po sobie śladu. Ramius nie bierze jednak udziału w zwykłych ćwiczeniach: rozczarowany radzieckim reżimem, zamierza wraz z najważniejszymi oficerami zdezerterować do Stanów Zjednoczonych i przekazać im śmiercionośny okręt podwodny.

Aby ukryć swoje prawdziwe zamiary, Ramius wysyła do radzieckiego dowództwa list z informacją o dezercji, co wywołuje zakrojoną na ogromną skalę obławę morską. Moskwa wysyła swoją flotę, w tym okręt myśliwski klasy Alfa dowodzony przez byłego ucznia Ramiusa, kapitana Tupolewa, by zniszczyć Czerwonego Października. Tymczasem w Langley w stanie Wirginia ty, analityk CIA, analizujesz zdjęcia satelitarne, dane wywiadu elektronicznego i akta osobowe, by ustalić prawdziwe motywy Ramiusa. Dochodzisz do wniosku, że nie zamierza on przeprowadzić ataku nuklearnego, lecz zdezerterować. Dyrektor CIA, admirał Greer, wysyła cię, byś przekonał Amerykanów do udzielenia pomocy Ramiusowi. Trafiasz na pokład amerykańskiego okrętu podwodnego USS Dallas, dowodzonego przez kapitana Barta Mancuso. Po przedstawieniu dowodów Mancuso zgadza się pomóc w ucieczce.

Daleko na morzu Ramius aranżuje pozorną, katastrofalną awarię reaktora na pokładzie swojego okrętu, zmuszając lojalną załogę do ewakuacji na jednostki ratunkowe. Pozostając na pokładzie wraz z zaufanymi wspólnikami, Ramius przygotowuje się do przekazania okrętu. Jednak ukryty na pokładzie sabotażysta GRU, przebrany za kucharza, otwiera ogień, śmiertelnie rani pierwszego oficera Wasilija Borodina i bierze Ramiusa na muszkę w wąskim korytarzu. Bez przeszkolenia bojowego i zupełnie nieuzbrojony, znajdujesz się na pokładzie Czerwonego Października, setki metrów pod powierzchnią, naprzeciwko uzbrojonego napastnika. Los zimnej wojny zależy od twojego następnego ruchu.