„Godzilla zniknął, a teraz jego miejsce zajął King Ghidorah .''

— Wilson (Godzilla vs. King Ghidorah)

King Ghidorah był centralnym elementem spisku terrorystów podróżujących w czasie z roku 2204, mającym rzucić Japonię na kolana w przeszłości, zanim stała się skorumpowanym ekonomicznym supermocarstwem. Powstał w wyniku połączenia trzech genetycznie zmodyfikowanych zwierzątek zwanych Doratami, pozostawionych przez Futurian na Wyspie Lagos w roku 1944. W 1954 roku Doraty zostały wystawione na działanie bomby wodorowej podczas testu Castle Bravo przeprowadzonego na pobliskim atolu Bikini, co stopiło je razem i przekształciło w Kinga Ghidoraha. W roku 1992 Futurianie przejęli kontrolę nad Kingiem Ghidorahem i wypuścili go w Japonii, żądając, by kraj poddał się ich żądaniom, podczas gdy potwór zrównał z ziemią Fukuokę i ruszył na Hokkaido. Nie mogąc pokonać trójgłowego potwora, rząd japoński podjął próbę odtworzenia Godzilli, którego — jak sądzono — Futurianie wymazali z historii, wykorzystując okręt podwodny z napędem jądrowym do napromieniowania Godzillozaurusа, który — jak wierzono — spoczywał uśpiony na dnie Morza Beringa. Ich plan przyniósł jedynie ten skutek, że już zmutowany Godzilla stał się jeszcze większy i potężniejszy, a następnie odrodzony Król Potworów wyszedł na brzeg na Hokkaido. Futurianie rozkazali Kingowi Ghidorahowi zaatakować Godzillę, a gdy oba tytany toczyły walkę, dezerterka z szeregów Futurian, Emmy Kano, przypuściła szturm na statek swoich towarzyszy przy pomocy pisarza Kenichiro Terasawy i androida M11. Kontrola Futurian nad Kingiem Ghidorahem została przerwana, a Godzilla z czasem zdobył przewagę w bitwie, odrywając środkową głowę Kinga Ghidoraha. Gdy Godzilla zniszczył statek Futurian i ostatecznie położył kres ich spiskowi, ranny King Ghidorah próbował uciec, lecz jego skrzydła zostały zdmuchnięte przez atomowy oddech Godzilli, po czym runął do oceanu poniżej. Gdy stało się jasne, że wzmocniony Godzilla stanowi teraz większe zagrożenie dla Japonii niż King Ghidorah, Emmy i M11 powrócili do 2204 roku, by wydobyć z oceanu zakonserwowane zwłoki Kinga Ghidoraha. Ożywili i ulepszyli potwora jako cyborga zwanego Mecha-King Ghidorahem, a następnie powrócili do 1992 roku, by powstrzymać Godzillę przed zniszczeniem Tokio. Mecha-King Ghidorah zdołał schwytać Godzillę i przenieść go nad oceanem, zanim Godzilla unieszkodliwił go swoim atomowym oddechem, a oba potwory spadły do morza poniżej. Wrak Mecha-Kinga Ghidoraha został później wydobyty przez United Nations Godzilla Countermeasure Center i wykorzystany do zbudowania jeszcze bardziej zaawansowanej maszyny przeciwko Godzilli: Mechagodzilli.