Alex Mercer, pazīstams ar savu Blackwatch segvārdu Zeus, ir spēles Prototype galvenais varonis un spēles Prototype 2 galvenais antagonists. Viņš bija bijušais Blacklight projekta vadošais pētnieks Gentek kompānijā. Uzzinājis, ka ar projektu saistītie cilvēki tiek sistemātiski nogalināti, Mercer mēģināja aizbēgt no pilsētas ar savu pētījumu paraugu flakonā. Stūrēts Pensilvānijas stacijā, Mercer sadauzīja flakonu un izlaida nāvējošo vīrusu apkārtnē. Tas izraisīja vīrusa uzliesmojumu, kas galu galā pārklāja visu Manhatanas salu.

Pamodies Gentek objektā bez atmiņām par savu pagātni, Alex Mercer izbēga no ēkas un drīz atklāja savas jaunās spējas un iemaņas, ko viņam piešķīra viņa izraisītais vīruss. Viņš sāka izmantot savas spējas, lai uzzinātu vairāk par savu sadrumstaloto pagātni, kamēr viņš pārmeklēja visu Ņujorku, meklējot atbildīgos.