Grupa vidusskolēnu izveido paštaisnības grupu, lai atmaskotu korumpētu pieaugušo noziegumus, bet drīz vien nonāk pasaules mēroga sazvērestības vidū, un viņus mērķē vareni indivīdi, kas darītu jebko, lai viņus apklusinātu.

Galu galā Fantoma Zagļu grupa cenšas mainīt savu ikdienas pasauli, lai tā atbilstu viņu uztverei, izbeigt verdzību un saskatīt cauri maskām, ko valkā mūsdienu sabiedrība. Ar dažādām personām. Sērijas raksturīga iezīme ir "Personas" izmantošana, kas ir personas psihes un zemapziņas fiziskas izpausmes, ko izmanto kaujā. Lai glābtu cilvēku zemapziņu, citiem vārdiem sakot, metaversu, izmantojot lietotni, lai pārsūtītu viņus uz citu dimensiju. Metaverss Persona 5 ir vieta, kur notiek visas kaujas. Lielākā daļa cilvēku reālajā pasaulē par šo sfēru nezina, un šīs "pasaules" spēlē tiek sauktas par "Pilīm". Visas pilis kalpo kā indivīdu zemapziņas prātu fiziski attēlojumi.