Kosmiskais laikmets ir sašķelts starp Naturāļiem un viņu radītajiem Koordinatoriem. Junius Seven pelni joprojām nospiež abas puses, un katrs kopš tā laika noslēgtais miers sevī nesis nākamā kara sēklu. Uz Zemes, Mēness un PLANT kolonijās tiek radīti jauni ieroči, mantoti seni aizvainojumi, un jauni piloti tiek sūtīti risināt to, ko viņu vecākie nespēja.

Tā sākas tava sāga Kosmiskajā laikmetā — stājies ZAFT, Zemes alianses vai Orb pusē, kalpo Kline frakcijai vai Compass, vai dodies vientuļā ceļā starp atlūzu joslas glābējiem un algotņiem. Tavi lēmumi atbalsosies vēsturē, nosakot, vai tu pārrausi naida apburto loku vai kļūsi par vēl vienu vārdu, ko tas aprīs.