Ēģiptes senču zemēs León Kennedy, DSO aģents, tiek nosūtīts svarīgā misijā, lai atrastu pazudušu artefaktu, kas varētu izmainīt globālo varas līdzsvaru. Tomēr viņa misija viņu noved pie princeses User Karim valstības — jaunas augstdzimušās, kura visu mūžu ir dzīvojusi savas pils sienās. Atšķirībā no lielākās daļas savas dzimtas, User ir ziņkārīga jauna sieviete, kuru piepilda brīnums par ārpasauli, ko viņa tik tikko ir iepazinusi.

León un User ceļi krustojas nejauši, kad viņš ienāk pilī, meklēdams atbildes. Neskatoties uz Leóna nopietno un aprēķinīgo dabu, viņš User atrod negaidītu sabiedroto. Princese, kura ir dzirdējusi baumas par seniem relikvijiem, bet nezina to patieso spēku, ir aizrautīga gan ar ārpasauli, gan ar Leónu, kurš viņai ir tikpat noslēpumains kā pati tuksnesis. Kamēr viņi kopā atklāj artefakta noslēpumus, Leónam viņa jāsargā no ēnās slēpjošajiem draudiem, vienlaikus cīnoties ar savām jūtām pret viņu.