Alex Mercer, 블랙워치 코드명 제우스로 알려진 그는 《프로토타입》의 주인공이자 《프로토타입 2》의 주요 악역이다. 그는 젠텍의 블랙라이트 프로젝트의 전 수석 연구원이었다. 프로젝트에 연루된 이들이 조직적으로 살해되고 있다는 사실을 알게 된 후, Mercer는 자신의 연구 샘플이 담긴 유리병을 가지고 도시를 탈출하려 했다. 펜실베이니아 역에서 궁지에 몰린 Mercer는 유리병을 깨뜨려 치명적인 바이러스를 주변에 풀어놓았다. 이는 결국 맨해튼 섬 전체를 뒤덮은 바이러스 발병을 촉발했다.

과거에 대한 기억이 전혀 없는 채 젠텍 시설에서 깨어난 Alex Mercer는 건물을 탈출했고, 곧 자신이 풀어놓은 바이러스로 인해 얻은 새로운 힘과 능력을 발견했다. 그는 뉴욕 전역을 누비며 책임자들을 찾아 나서, 조각난 과거에 대해 더 알아가기 위해 자신의 능력을 활용하기 시작했다.