디스토피아적이고 종말 이후의 미래, 인류의 집중적인 마그마 에너지 추출로 인해 지구는 황폐한 불모지가 되었다. 살아남기 위해 사회는 플랜테이션이라 불리는 거대하고 요새화된 이동 도시들 속에 스스로를 격리했으며, 그곳에서 성인들은 APE, 혹은 "대디"라 알려진 권위주의적 지도부의 명령 아래 불멸의, 그러나 감정 없는 삶을 살아간다. 이 존재에 대한 가장 큰 위협은 클락소사우르스로, 인간이 소비하는 것과 같은 에너지에 이끌리는 거대한 생명체들이다. 이들과 싸우기 위해 아이들은 실험실에서 인공적으로 창조되어, 이름도 바깥 세계에 대한 지식도 없이 박탈당한 채, 소년(수술)과 소녀(암술) 사이의 완벽한 신경 및 감정 동기화를 요구하는 거대 로봇 프랑키스를 조종하기 위해 창조된 "기생체"로서만 복무한다.

줄거리는 한때 신동이었으나 파트너와의 동기화 능력을 잃고 시스템에 쓸모없어진 젊은 파일럿 히로를 따라간다. 그의 현실은 뿔과 클락소사우르스의 피를 지닌 엘리트 파일럿으로, 세 번의 비행 후 파트너의 생명력을 빨아들이는 치명적인 평판으로 알려진 제로 투를 만나면서 극적으로 바뀐다. 그들이 스트렐리치아라는 프랑키스에서 팀을 이루자, 히로는 자신만이 죽지 않고 그녀와 함께 조종할 수 있는 유일한 존재임을 알게 된다. 젊은이들로 구성된 부대가 잔혹한 전투에 맞서고 점차 더 독립적인 삶을 살기 시작하면서, 아이들은 사랑, 번식, 개성과 같이 이전에는 금지되었던 인간적 감정들을 발견하기 시작한다. 히로와 제로 투 사이의 유대는 그들의 과거, 클락소사우르스의 진실하고도 끔찍한 본질, 그리고 인류 지도자들의 실제 의도에 관한 어두운 비밀들을 점차 드러내며, 지구의 운명을 건 우주적 규모의 전투로 절정에 이른다.