한 무리의 고등학생들이 부패한 어른들의 범죄를 폭로하기 위해 자경단을 결성하지만, 곧 전 세계적인 음모의 한가운데에 놓이게 되고 그들을 침묵시키기 위해 무슨 짓이든 할 강력한 인물들의 표적이 된다.

궁극적으로 이 괴도단은 그들의 인식에 맞게 일상의 세계를 바꾸고, 노예제를 종식시키며, 현대 사회가 쓰고 있는 가면을 꿰뚫어 보고자 한다. 다양한 페르소나와 함께 이 시리즈의 결정적인 측면은 '페르소나'의 사용인데, 이는 한 사람의 정신과 잠재의식이 전투를 위해 물리적으로 현현한 것이다. 사람들의 잠재의식을 구하기 위해, 즉 메타버스를 사용해 그들을 다른 차원으로 이동시키기 위해 앱을 사용한다. 페르소나 5에서 모든 전투가 벌어지는 곳이 바로 메타버스다. 현실 세계의 대부분의 사람들은 이 영역을 알지 못하며, 게임에서는 이 '세계'들이 '팰리스'라고 불린다. 팰리스는 모두 개인의 잠재의식을 물리적으로 표현한 역할을 한다.