서기 3004년, 헬리오코어 이후 503년.

첫 번째 우주 전쟁이 끝난 후, 화성을 둘러싼 식민지들은 얼어붙은 행성 핵을 다시 점화할 기술을 개발하는 데 힘을 쏟았다. 연구는 포보스와 데이모스 주변의 식민지에 집중되었고, 약 100년의 연구 끝에 얼어붙은 화성의 핵을 다시 점화할 기술을 만들어냈다. 이 기술은 '미라클 시드(Miracle Seed)'라 명명되었으며, 당시로서는 불가능하다고 여겨졌던 과업에 필요한 자원을 담은 캡슐이었다. 캡슐은 올림포스 산에 발사되었고, 불과 몇 분 만에 화산을 활성화시켜 핵을 둘러싼 얼음을 녹이고 핵을 깨웠다. 이로써 붉은 행성의 테라포밍이 마침내 시작되었다. 수많은 지질 활동이 이어진 뒤, 식민지들과 지구의 세계 정부는 화성에 식민지를 건설하고 최초의 도시들을 세웠다. 이후 수년 동안 모든 것이 매우 빠르게 발전했고, 그 결과 화성은 경제, 사회, 발전 면에서 지구를 앞서게 되었다. 하지만 이러한 화성의 번영은 지구 정부의 고위층을 불안하게 만들었다. 그들은 화성의 번영을 자신들의 주권에 대한 위협으로 보았고, 화성인들이 지구와 분리 독립을 고려하고 있다는 사실까지 더해졌다. 그들은 자신들의 철권통치를 잃지 않으려고 은밀하게 붉은 행성에 문제를 일으키기 시작했다. 이로 인해 화성 주민과 그곳의 꼭두각시 정부 사이에 긴장이 고조되었다. 익명의 한 집단은 행성의 문제들이 지구 정부에 의해 조장되고 있다는 사실을 알아냈다. 그러나 그들이 경고를 하고 증거를 제시하려 할 때마다 검열되었고, 사냥당하거나 '의문스럽게' 목숨을 잃었다. 이러한 일들이 시간이 지나면서 화성 내부의 분열을 더욱 심화시켰고, 결국 내전으로 번졌다. 두 개의 파벌이 형성되었다. 하나는 지구의 간섭 없이 화성이 자유롭게 발전하고 번영하기를 원하며, '테러와 반민주적 행위'라는 명목으로 그들이 저지른 악행을 폭로하려는 분리주의자들(Separatistas)이었다. 다른 하나는 지구와의 유대와 꼭두각시 정부를 유지하려는 화성 세계화주의자들(Globalistas)이었다. 상급자들이 지구에서 내려온 명령에 따라 화성 식민지들은 이 문제에 끼어들지 않고, 모든 것을 지구와 화성인들 사이의 문제로 남겨두었다. 이 내전은 약 3년째 이어지고 있으며, 아직 아무것도 결정되지 않았다. 다만 사상자가 늘어나면서 양측 모두 어디에서든 용병단을 고용해 싸우게 했고, 그들에게 천문학적인 제안과 계약을 제시하고 있다. 당신은 이 내전에서 싸우는 용병 중 하나이며, 당신의 팀인 S.T.P.E(Scavengers, Trackers, Protectors, Executors의 약자)가 만든 QPZX-20A 메카 '헥센(Hexen)'을 조종한다. 당신은 붉은 행성의 자유를 위해 싸울 것인가, 아니면 통제를 위해 싸울 것인가? 아니면 오직 이윤과 자신만의 목적을 위해 싸울 것인가?